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RNA複製酶

十二月 03, 2023

提示：此条目的主题不是RNA聚合酶。

RNA複製酶（RNA replicase）或名RNA依賴性RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase），縮寫 RdRp 或 RDR，係一類能以RNA爲模板複製RNA的酶。值得注意的是，這類酶與以DNA爲模板合成RNA的RNA聚合酶（在轉錄中扮演重要角色的酶）不是同一類酶。

RNA複製酶
RNA-dependent RNA polymerase
RNA複製酶的結構PDB 3PHU.[1]
识别码
EC編號 2.7.7.48
CAS号 9026-28-2
数据库
IntEnz IntEnz浏览
BRENDA（英语：BRENDA） BRENDA入口
ExPASy（英语：ExPASy） NiceZyme浏览
KEGG KEGG入口
MetaCyc（英语：MetaCyc） 代谢路径
PRIAM（英语：PRIAM_enzyme-specific_profiles） 概述
PDB RCSB PDB PDBj PDBe PDBsum
基因本体 AmiGO / EGO
RNA dependent RNA polymerase
鑑定
標誌RdRP_1
PfamPF00680（旧版）
Pfam宗系CL0027（旧版）
InterPro（英语：InterPro）IPR001205
SCOP（英语：Structural Classification of Proteins）2jlg / SUPFAM
現有可用的蛋白結構：
Pfam結構（旧版） / ECOD
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum（英语：PDBsum）結構概要
RNA-directed RNA polymerase, flaviviral
鑑定
標誌RNA_pol_flaviviral
PfamPF00972（旧版）
InterPro（英语：InterPro）IPR000208
現有可用的蛋白結構：
Pfam結構（旧版） / ECOD
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum（英语：PDBsum）結構概要
HCV NS5B RdRP stalled 4WTG

RNA複製酶對於那些反義RNA病毒（例如流感病毒）的增殖來說，是一種至關重要的蛋白質[2][3]。RNA複製酶能合成一條RNA單鏈的互補鏈[4][5]。

歷史 编辑

病毒 RdRps 是在 1960 年代早期通過對腦膜炎病毒和脊髓灰質炎病毒的研究發現的，當時觀察到這些病毒對放線菌素不敏感，放線菌素是一種抑制細胞 DNA 指導的 RNA 合成的藥物。 這種缺乏敏感性表明有一種病毒特異性酶可以從RNA模板而不是從DNA模板複製RNA。

分布 编辑

RdRps在整個病毒中高度保守，甚至與端粒酶有關，儘管截至2009年這是一個持續存在的問題[6]。這種相似性導致推測病毒 RdRps 是人類端粒酶的祖先。

RdRp 最著名的例子是脊髓灰質炎病毒。

結構 编辑

所有的RNA複製酶和不少RNA聚合酶都有一個摺疊結構。這個摺疊結構與三個亞結構域相連。上面三個結構域的形狀和人的右手想像，因而分別被稱爲「四指」（fingers）、「手掌」（palm）、「拇指」（thumb）[7]。其中，只有手掌亞結構域有一個由四條反向平行的多肽鏈構成的β-折疊結構和兩個α-螺旋結構，在各類RNA複製酶中高度保守。其中，手掌亞結構域有三個高度保守的基元（A、B，以及C）。基元A（D-x(4,5)-D）和基元C（GDD）在空間上並列。這兩個基元中的天冬氨酸殘基與鎂離子和錳離子相連。而B基元中的天冬酰胺殘基則與在脫氧三磷酸核苷中選三磷酸核糖核苷的過程有關，上述過程可以確保合成的是RNA而不是DNA[8]。RNA複製酶的結構域的組織形式保守[9]，其催化中心也是一樣。RNA複製酶的催化中心是由一系列包含保守的氨基酸殘基的基元組成的，即使在同源性不高的編碼序列下也保守。

參考 编辑

  1. ^ Akutsu, M; Ye, Y; Virdee, S; Chin, JW; Komander, D. Molecular basis for ubiquitin and ISG15 cross-reactivity in viral ovarian tumor domains. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. February 2011, 108 (6): 2228–33. PMC 3038727  . PMID 21266548. doi:10.1073/pnas.1015287108. 
  2. ^ Koonin EV, Gorbalenya AE, Chumakov KM. Tentative identification of RNA-dependent RNA polymerases of dsRNA viruses and their relationship to positive strand RNA viral polymerases. FEBS Lett. July 1989, 252 (1–2): 42–6. PMID 2759231. doi:10.1016/0014-5793(89)80886-5. 
  3. ^ Zanotto PM, Gibbs MJ, Gould EA, Holmes EC. A reevaluation of the higher taxonomy of viruses based on RNA polymerases. J. Virol. September 1996, 70 (9): 6083–96. PMC 190630  . PMID 8709232. 
  4. ^ Jin, Z; Leveque, V; Ma, H; Johnson, K. A.; Klumpp, K. Assembly, purification, and pre-steady-state kinetic analysis of active RNA-dependent RNA polymerase elongation complex. Journal of Biological Chemistry. 2012, 287 (13): 10674–83. PMC 3323022  . PMID 22303022. doi:10.1074/jbc.M111.325530. 
  5. ^ Kao CC, Singh P, Ecker DJ. De novo initiation of viral RNA-dependent RNA synthesis. Virology. September 2001, 287 (2): 251–60. PMID 11531403. doi:10.1006/viro.2001.1039. 
  6. ^ Suttle CA. Viruses in the sea. Nature. September 2005, 437 (7057): 356–61. Bibcode:2005Natur.437..356S. PMID 16163346. S2CID 4370363. doi:10.1038/nature04160. 
  7. ^ Hansen JL, Long AM, Schultz SC. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus. Structure. August 1997, 5 (8): 1109–22. PMID 9309225. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X. 
  8. ^ Gohara DW, Crotty S, Arnold JJ, Yoder JD, Andino R, Cameron CE. Poliovirus RNA-dependent RNA polymerase (3Dpol): structural, biochemical, and biological analysis of conserved structural motifs A and B. J. Biol. Chem. August 2000, 275 (33): 25523–32. PMID 10827187. doi:10.1074/jbc.M002671200. 
  9. ^ O'Reilly EK, Kao CC. Analysis of RNA-dependent RNA polymerase structure and function as guided by known polymerase structures and computer predictions of secondary structure. Virology. December 1998, 252 (2): 287–303. PMID 9878607. doi:10.1006/viro.1998.9463. 

外部連結 编辑

十二月 03, 2023
rna複製酶, 提示, 此条目的主题不是rna聚合酶, replicase, 或名rna依賴性rna聚合酶, dependent, polymerase, 縮寫, rdrp, 係一類能以rna爲模板複製rna的酶, 值得注意的是, 這類酶與以dna爲模板合成rna的rna聚合酶, 在轉錄中扮演重要角色的酶, 不是同一類酶, dependent, polymerase的結構pdb, 3phu, 命名系统命名缩写识别码ec編號, 48cas号, 9026, 2数据库intenz, intenz浏览brenda, 英语,. 提示 此条目的主题不是RNA聚合酶 RNA複製酶 RNA replicase 或名RNA依賴性RNA聚合酶 RNA dependent RNA polymerase 縮寫 RdRp 或 RDR 係一類能以RNA爲模板複製RNA的酶 值得注意的是 這類酶與以DNA爲模板合成RNA的RNA聚合酶 在轉錄中扮演重要角色的酶 不是同一類酶 RNA複製酶RNA dependent RNA polymeraseRNA複製酶的結構PDB 3PHU 1 命名系统命名缩写识别码EC編號 2 7 7 48CAS号 9026 28 2数据库IntEnz IntEnz浏览BRENDA 英语 BRENDA BRENDA入口ExPASy 英语 ExPASy NiceZyme浏览KEGG KEGG入口MetaCyc 英语 MetaCyc 代谢路径PRIAM 英语 PRIAM enzyme specific profiles 概述PDB RCSB PDB PDBj PDBe PDBsum基因本体 AmiGO EGO搜索PMC 相关文献PubMed 相关文献RNA dependent RNA polymerase鑑定標誌RdRP 1PfamPF00680 旧版 Pfam宗系CL0027 旧版 InterPro 英语 InterPro IPR001205SCOP 英语 Structural Classification of Proteins 2jlg SUPFAM現有可用的蛋白結構 Pfam結構 旧版 ECODPDBRCSB PDB PDBe PDBjPDBsum 英语 PDBsum 結構概要RNA directed RNA polymerase flaviviral鑑定標誌RNA pol flaviviralPfamPF00972 旧版 InterPro 英语 InterPro IPR000208現有可用的蛋白結構 Pfam結構 旧版 ECODPDBRCSB PDB PDBe PDBjPDBsum 英语 PDBsum 結構概要HCV NS5B RdRP stalled 4WTGRNA複製酶對於那些反義RNA病毒 例如流感病毒 的增殖來說 是一種至關重要的蛋白質 2 3 RNA複製酶能合成一條RNA單鏈的互補鏈 4 5 目录 1 歷史 2 分布 3 結構 4 參考 5 外部連結歷史 编辑病毒 RdRps 是在 1960 年代早期通過對腦膜炎病毒和脊髓灰質炎病毒的研究發現的 當時觀察到這些病毒對放線菌素不敏感 放線菌素是一種抑制細胞 DNA 指導的 RNA 合成的藥物 這種缺乏敏感性表明有一種病毒特異性酶可以從RNA模板而不是從DNA模板複製RNA 分布 编辑RdRps在整個病毒中高度保守 甚至與端粒酶有關 儘管截至2009年這是一個持續存在的問題 6 這種相似性導致推測病毒 RdRps 是人類端粒酶的祖先 RdRp 最著名的例子是脊髓灰質炎病毒 結構 编辑所有的RNA複製酶和不少RNA聚合酶都有一個摺疊結構 這個摺疊結構與三個亞結構域相連 上面三個結構域的形狀和人的右手想像 因而分別被稱爲 四指 fingers 手掌 palm 拇指 thumb 7 其中 只有手掌亞結構域有一個由四條反向平行的多肽鏈構成的b 折疊結構和兩個a 螺旋結構 在各類RNA複製酶中高度保守 其中 手掌亞結構域有三個高度保守的基元 A B 以及C 基元A D x 4 5 D 和基元C GDD 在空間上並列 這兩個基元中的天冬氨酸殘基與鎂離子和錳離子相連 而B基元中的天冬酰胺殘基則與在脫氧三磷酸核苷中選三磷酸核糖核苷的過程有關 上述過程可以確保合成的是RNA而不是DNA 8 RNA複製酶的結構域的組織形式保守 9 其催化中心也是一樣 RNA複製酶的催化中心是由一系列包含保守的氨基酸殘基的基元組成的 即使在同源性不高的編碼序列下也保守 參考 编辑 Akutsu M Ye Y Virdee S Chin JW Komander D Molecular basis for ubiquitin and ISG15 cross reactivity in viral ovarian tumor domains Proc Natl Acad Sci U S A February 2011 108 6 2228 33 PMC 3038727 nbsp PMID 21266548 doi 10 1073 pnas 1015287108 Koonin EV Gorbalenya AE Chumakov KM Tentative identification of RNA dependent RNA polymerases of dsRNA viruses and their relationship to positive strand RNA viral polymerases FEBS Lett July 1989 252 1 2 42 6 PMID 2759231 doi 10 1016 0014 5793 89 80886 5 Zanotto PM Gibbs MJ Gould EA Holmes EC A reevaluation of the higher taxonomy of viruses based on RNA polymerases J Virol September 1996 70 9 6083 96 PMC 190630 nbsp PMID 8709232 Jin Z Leveque V Ma H Johnson K A Klumpp K Assembly purification and pre steady state kinetic analysis of active RNA dependent RNA polymerase elongation complex Journal of Biological Chemistry 2012 287 13 10674 83 PMC 3323022 nbsp PMID 22303022 doi 10 1074 jbc M111 325530 Kao CC Singh P Ecker DJ De novo initiation of viral RNA dependent RNA synthesis Virology September 2001 287 2 251 60 PMID 11531403 doi 10 1006 viro 2001 1039 Suttle CA Viruses in the sea Nature September 2005 437 7057 356 61 Bibcode 2005Natur 437 356S PMID 16163346 S2CID 4370363 doi 10 1038 nature04160 Hansen JL Long AM Schultz SC Structure of the RNA dependent RNA polymerase of poliovirus Structure August 1997 5 8 1109 22 PMID 9309225 doi 10 1016 S0969 2126 97 00261 X Gohara DW Crotty S Arnold JJ Yoder JD Andino R Cameron CE Poliovirus RNA dependent RNA polymerase 3Dpol structural biochemical and biological analysis of conserved structural motifs A and B J Biol Chem August 2000 275 33 25523 32 PMID 10827187 doi 10 1074 jbc M002671200 O Reilly EK Kao CC Analysis of RNA dependent RNA polymerase structure and function as guided by known polymerase structures and computer predictions of secondary structure Virology December 1998 252 2 287 303 PMID 9878607 doi 10 1006 viro 1998 9463 外部連結 编辑 nbsp 生物学主题 醫學主題詞表 MeSH RNA Replicase EC 2 7 7 48 取自 https zh wikipedia org w index php title RNA複製酶 amp oldid 71670986, 维基百科，wiki，书籍，书籍，图书馆，

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