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Pfam

行進 26, 2023

Pfam是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註[1][2][3]。

Pfam
内容
有機體全部
相關信息
研究中心WTSI（英语：Wellcome Trust Sanger Institute）
访问入口
数据格式Stockholm format（英语：Stockholm format）
网站Pfam
下載地址Pfam ftp[永久失效連結] Pfam ftp
工具
其他
许可GNU宽通用公共许可证
可否列為書籤yes

特色

Pfam中所登錄的每一個蛋白質家族可以：

  • 查詢多重序列比對
  • 查看蛋白質主要結構
  • 檢視物種演化樹
  • 連結其他資料庫
  • 查看已知的蛋白質結構

Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。

Pfam的最新版本是「Pfam 34.0」（2021年3月，共計19,179個家族）[4]

參見

  • TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
  • InterPro（英语：InterPro） Integration of protein domain and protein family databases
  • PDBfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)[5][6]

參考文獻

  1. ^ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907  . PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960. 
  2. ^ Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. Pfam: clans, web tools and services. Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511  . PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始内容于2019-10-16）. 
  3. ^ Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855  . PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始内容于2019-03-28）. 
  4. ^ Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12]. [永久失效連結]
  5. ^ Dunbrack, Roland. . PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始内容存档于2015-10-01）. 
  6. ^ Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341  . PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533. 

外部連結

  • －英國Sanger Institute（英语：Sanger Institute）的蛋白質家族資料庫
  • Pfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） －美國珍利亞農場研究園區的蛋白質家族資料庫
  • Pfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） －瑞典Stockholm Bioinformatics Centre（英语：Stockholm Bioinformatics Centre）的蛋白質家族資料庫
  • - Interactions of Pfam domains in PDB
  • PDBfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） - Assignments of Pfam domains to sequences in the PDB at Fox Chase Cancer Center（英语：Fox Chase Cancer Center） USA

行進 26, 2023
pfam, 是一個蛋白質家族資料庫, 此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註, 内容有機體全部相關信息研究中心wtsi, 英语, wellcome, trust, sanger, institute, 访问入口数据格式stockholm, format, 英语, stockholm, format, 网站下載地址, 永久失效連結, ftp工具其他许可gnu宽通用公共许可证可否列為書籤yes, 目录, 特色, 參見, 參考文獻, 外部連結特色, 编辑中所登錄的每一個蛋白質家族可以, 查詢多重序列. Pfam是一個蛋白質家族資料庫 此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註 1 2 3 Pfam内容有機體全部相關信息研究中心WTSI 英语 Wellcome Trust Sanger Institute 访问入口数据格式Stockholm format 英语 Stockholm format 网站Pfam下載地址Pfam ftp 永久失效連結 Pfam ftp工具其他许可GNU宽通用公共许可证可否列為書籤yes 目录 1 特色 2 參見 3 參考文獻 4 外部連結特色 编辑Pfam中所登錄的每一個蛋白質家族可以 查詢多重序列比對 查看蛋白質主要結構 檢視物種演化樹 連結其他資料庫 查看已知的蛋白質結構Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理 Pfam的最新版本是 Pfam 34 0 2021年3月 共計19 179個家族 4 參見 编辑TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation InterPro 英语 InterPro Integration of protein domain and protein family databases PDBfam 页面存档备份 存于互联网档案馆 thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank PDB 5 6 參考文獻 编辑 Finn RD Tate J Mistry J Coggill PC Sammut SJ Hotz HR Ceric G Forslund K Eddy SR Sonnhammer EL Bateman A The Pfam protein families database Nucleic Acids Res 2008 36 Database issue D281 8 PMC 2238907 PMID 18039703 doi 10 1093 nar gkm960 Robert D Finn Jaina Mistry Benjamin Schuster Bockler Sam Griffiths Jones Volker Hollich Timo Lassmann Simon Moxon Mhairi Marshall Ajay Khanna Richard Durbin Sean R Eddy Erik L L Sonnhammer Alex Bateman Pfam clans web tools and services Nucleic Acids Research 2006 01 01 34 Database issue D247 251 2019 02 12 ISSN 1362 4962 PMC 1347511 PMID 16381856 doi 10 1093 nar gkj149 原始内容存档于2019 10 16 引文格式1维护 PMC格式 link Alex Bateman Lachlan Coin Richard Durbin Robert D Finn Volker Hollich Sam Griffiths Jones Ajay Khanna Mhairi Marshall Simon Moxon Erik L L Sonnhammer David J Studholme Corin Yeats Sean R Eddy The Pfam protein families database Nucleic Acids Research 2004 01 01 32 Database issue D138 141 2019 02 12 ISSN 1362 4962 PMC 308855 PMID 14681378 doi 10 1093 nar gkh121 原始内容存档于2019 03 28 引文格式1维护 PMC格式 link Pfam release notes Sanger 2012 01 12 永久失效連結 Dunbrack Roland PDBfam PDBfam Fox Chase Cancer Center 9 March 2013 原始内容存档于2015 10 01 Xu Qifang Dunbrack Roland Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems Pfam and the PDB Bioinformatics 2012 28 21 2763 72 PMC 3476341 PMID 22942020 doi 10 1093 bioinformatics bts533 外部連結 编辑Pfam 英國Sanger Institute 英语 Sanger Institute 的蛋白質家族資料庫 Pfam 页面存档备份 存于互联网档案馆 美國珍利亞農場研究園區的蛋白質家族資料庫 Pfam 页面存档备份 存于互联网档案馆 瑞典Stockholm Bioinformatics Centre 英语 Stockholm Bioinformatics Centre 的蛋白質家族資料庫 iPfam Interactions of Pfam domains in PDB PDBfam 页面存档备份 存于互联网档案馆 Assignments of Pfam domains to sequences in the PDB at Fox Chase Cancer Center 英语 Fox Chase Cancer Center USA 取自 https zh wikipedia org w index php title Pfam amp oldid 73986824, 维基百科，wiki，书籍，书籍，图书馆，

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