蛋白質資料庫 （Protein Data Bank ，简称PDB ）是一個專門收錄蛋白質 及核酸 的三維 結構資料的数据庫。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。在PDB的基础上，还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库，例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。這些資料和數據一般是世界各地的结构生物学 家經由X射線晶體學 或NMR光譜學 實驗所得，並釋放到公有領域 供公众免費使用。
蛋白質資料庫 内容 相關信息 访问入口 数据格式 PDB 网站 www www www www 工具 其他
歷史 PDB的历史可以追溯到1971年，当时布鲁克黑文国家实验室 的Walter Hamilton决定在Brookhaven建立这个数据库。1973年Hamilton去世后，Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月，以色列魏茨曼科學研究學院 的Joel Sussman被任命为PDB负责人。在1998年10月，PDB被移交给了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB)，并与1999年6月移交完毕，新的负责人是罗格斯大学 (Rutgers大学)（RCSB成员）的Helen M. Berman。2003年，PDB作为wwPDB的核心，成为了一个国际性组织。同时，wwPDB的其他成员，包括PDBe（歐洲）、RCSB（美國）、PDBj（日本）也为PDB提供了数据积累、处理和发布的中心。BMRB [1]
內容 PDB數據庫每週更新（UTC+0 星期三）。 同樣，PDB館藏列表[2] (2017-03-14 ) [update] ，現有統計信息如下：
實驗 蛋白质 核酸 蛋白质/核酸 其他 總數 X射线晶体学 106595 1820 5471 4 113890 核磁共振 10296 1190 241 8 11735 电子显微镜 1021 30 367 0 1418 混合 99 3 2 1 105 其他 181 4 6 13 204 總數: 118192 3047 6087 26 127352
PDB中的103,514個結構具有结构因子 文件。 9,057個結構具有NMR約束文件。 PDB中的2,826個結構具有化學位移 文件。 PDB中的1,403個結構在EM Data Bank中存有3DEM地圖文件 這些數據表明大多數結構是由X射線衍射確定的，但是現在約10％的結構由蛋白質NMR確定。 當使用X射線衍射時，獲得蛋白質原子坐標的近似值，而通過NMR實驗發現蛋白質原子對之間距離的估計值。 因此，在後一種情況下，通過求解距離幾何問題
上述結構因子文件的意義在於，對於具有結構文件的由X射線衍射確定的PDB結構，可以查看電子密度圖。 這些結構的數據存儲在“電子密度服務器”上[3] [4]
過去，PDB的結構數量以近似指數的速度增長，通過了1982年的100個註冊結構里程碑，1993年的1,000個，1999年的10,000個，以及2014年的100,000個[5] [6]
以下为PDB成员网站
参见
參考文獻 ^ BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank. [2014-01-02 ] . （原始内容于2020-10-20）. ^ . RCSB. [2018-04-22 ] . （原始内容存档于2007-07-04）. ^ The Uppsala Electron Density Server. Uppsala University. [2013-04-06 ] . （原始内容于2021-03-21）. ^ Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA. The Uppsala Electron-Density Server. Acta Crystallogr D. Dec 2004, 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. PMID 15572777 . doi:10.1107/S0907444904013253 . ^ Anon. Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures. Nature. 2014, 509 (7500): 260. PMID 24834514 . doi:10.1038/509260a . ^ . RCSB PDB. [2013-04-06 ] . （原始内容存档于2007-04-28）.
外部链接 （英文） PDB的官方网站（总站） （页面存档备份，存于互联网档案馆 ），區域網站（下）（英文） The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)— parent site to regional hosts (below) （英文） （页面存档备份，存于互联网档案馆 ） (美国蛋白质结构数据库)（英文） PDBe （页面存档备份，存于互联网档案馆 ） (欧洲蛋白质结构数据库, PDBe: Protein Data Bank Europe)（英文） （中文） PDBj （页面存档备份，存于互联网档案馆 ） （日本蛋白质结构数据库, PDBj: Protein Data Bank Japan)BMRB, Biological Magnetic Resonance Data Bank （页面存档备份，存于互联网档案馆 ） (USA) wwPDB Documentation （页面存档备份，存于互联网档案馆 ） — documentation on both the PDB and PDBML file formats （英文） Looking at Structures （页面存档备份，存于互联网档案馆 ） — The RCSB's introduction to crystallography（英文） PDBsum Home Page （页面存档备份，存于互联网档案馆 ） — Extracts data from other databases about PDB structures.（英文） Nucleic Acid Database, NDB （页面存档备份，存于互联网档案馆 ） — a PDB mirror especially for searching for nucleic acids（英文） （英文） PDBe: Quick Tour on EBI Train OnLine （页面存档备份，存于互联网档案馆 ）
蛋白質資料庫, protein, data, bank, 简称pdb, 是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的数据庫, 由worldwide, protein, data, bank监管, pdb可以经由网络免费访问, 是结构生物学研究中的重要资源, 为了确保pdb资料的完备与权威, 各个主要的科学杂志, 基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给pdb, 在pdb的基础上, 还发展出来若干依据不同原则对pdb结构数据进行分类的数据库, 例如go将pdb中的数据按基因进行了分类, 這些資料和數據一般是世界各地的. 蛋白質資料庫 Protein Data Bank 简称PDB 是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的数据庫 由Worldwide Protein Data Bank监管 PDB可以经由网络免费访问 是结构生物学研究中的重要资源 为了确保PDB资料的完备与权威 各个主要的科学杂志 基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB 在PDB的基础上 还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库 例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类 這些資料和數據一般是世界各地的结构生物学家經由X射線晶體學或NMR光譜學實驗所得 並釋放到公有領域供公众免費使用 蛋白質資料庫内容相關信息访问入口数据格式PDB网站www wbr wwpdb wbr org www wbr pdbe wbr org www wbr rcsb wbr org wbr pdb www wbr pdbj wbr org工具其他 目录 1 歷史 2 內容 3 以下为PDB成员网站 4 参见 5 參考文獻 6 外部链接歷史 编辑PDB的历史可以追溯到1971年 当时布鲁克黑文国家实验室的Walter Hamilton决定在Brookhaven建立这个数据库 1973年Hamilton去世后 Tom Koeztle接管了PDB 1994年1月 以色列魏茨曼科學研究學院的Joel Sussman被任命为PDB负责人 在1998年10月 PDB被移交给了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics RCSB 并与1999年6月移交完毕 新的负责人是罗格斯大学 Rutgers大学 RCSB成员 的Helen M Berman 2003年 PDB作为wwPDB的核心 成为了一个国际性组织 同时 wwPDB的其他成员 包括PDBe 歐洲 RCSB 美國 PDBj 日本 也为PDB提供了数据积累 处理和发布的中心 BMRB 英语 Biological Magnetic Resonance Data Bank 於2006年加入 1 值得一提的是 虽然PDB的数据是由世界各地的科学家提交的 但每条提交的数据都会经过wwPDB工作人员的审核与注解 并检验数据是否合理 PDB及其提供的软件现在对公众免费开放 內容 编辑 蛋白质数据库 PDB 中蛋白质结构的一些例子 按方法和年份确定蛋白质结构的速率 PDB數據庫每週更新 UTC 0 星期三 同樣 PDB館藏列表 2 也每週更新一次 截至截至2017年3月14日 2017 03 14 update 現有統計信息如下 實驗方法 蛋白质 核酸 蛋白质 核酸複合物 其他 總數X射线晶体学 106595 1820 5471 4 113890核磁共振 10296 1190 241 8 11735电子显微镜 1021 30 367 0 1418混合 99 3 2 1 105其他 181 4 6 13 204總數 118192 3047 6087 26 127352PDB中的103 514個結構具有结构因子文件 9 057個結構具有NMR約束文件 PDB中的2 826個結構具有化學位移文件 PDB中的1 403個結構在EM Data Bank中存有3DEM地圖文件 dd 這些數據表明大多數結構是由X射線衍射確定的 但是現在約10 的結構由蛋白質NMR確定 當使用X射線衍射時 獲得蛋白質原子坐標的近似值 而通過NMR實驗發現蛋白質原子對之間距離的估計值 因此 在後一種情況下 通過求解距離幾何問題 英语 Distance geometry problem 來獲得蛋白質的最終構象 一些蛋白質由低溫電子顯微鏡確定 單擊原始表中的數字將顯示由該方法確定的結構示例 上述結構因子文件的意義在於 對於具有結構文件的由X射線衍射確定的PDB結構 可以查看電子密度圖 這些結構的數據存儲在 電子密度服務器 上 3 4 過去 PDB的結構數量以近似指數的速度增長 通過了1982年的100個註冊結構里程碑 1993年的1 000個 1999年的10 000個 以及2014年的100 000個 5 6 然而 自2007年以來 新蛋白質結構的積累速率似乎已經趨於穩定 以下为PDB成员网站 编辑PDB欧洲分站 页面存档备份 存于互联网档案馆 PDB日本分站 页面存档备份 存于互联网档案馆 PDB美国分站 生物核磁共振数据库 美国 页面存档备份 存于互联网档案馆 参见 编辑科学可视化參考文獻 编辑 BMRB Biological Magnetic Resonance Bank 2014 01 02 原始内容存档于2020 10 20 PDB Current Holdings Breakdown RCSB 2018 04 22 原始内容存档于2007 07 04 The Uppsala Electron Density Server Uppsala University 2013 04 06 原始内容存档于2021 03 21 Kleywegt GJ Harris MR Zou JY Taylor TC Wahlby A Jones TA The Uppsala Electron Density Server Acta Crystallogr D Dec 2004 60 Pt 12 Pt 1 2240 2249 PMID 15572777 doi 10 1107 S0907444904013253 Anon Hard data It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100 000 structures Nature 2014 509 7500 260 PMID 24834514 doi 10 1038 509260a Content Growth Report RCSB PDB 2013 04 06 原始内容存档于2007 04 28 外部链接 编辑 英文 PDB的官方网站 总站 页面存档备份 存于互联网档案馆 區域網站 下 英文 The Worldwide Protein Data Bank wwPDB parent site to regional hosts below 英文 页面存档备份 存于互联网档案馆 美国蛋白质结构数据库 英文 PDBe 页面存档备份 存于互联网档案馆 欧洲蛋白质结构数据库 PDBe Protein Data Bank Europe 英文 中文 PDBj 页面存档备份 存于互联网档案馆 日本蛋白质结构数据库 PDBj Protein Data Bank Japan BMRB Biological Magnetic Resonance Data Bank 页面存档备份 存于互联网档案馆 USA wwPDB Documentation 页面存档备份 存于互联网档案馆 documentation on both the PDB and PDBML file formats 英文 Looking at Structures 页面存档备份 存于互联网档案馆 The RCSB s introduction to crystallography 英文 PDBsum Home Page 页面存档备份 存于互联网档案馆 Extracts data from other databases about PDB structures 英文 Nucleic Acid Database NDB 页面存档备份 存于互联网档案馆 a PDB mirror especially for searching for nucleic acids 英文 Introductory PDB tutorial sponsored by PDB 英文 PDBe Quick Tour on EBI Train OnLine 页面存档备份 存于互联网档案馆 取自 https zh wikipedia org w index php title 蛋白質資料庫 amp oldid 73070215, 维基百科，wiki ，书籍，书籍，图书馆，
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