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严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株

十月 19, 2023

维基百科中的醫學内容仅供参考，並不能視作專業意見。如需獲取醫療幫助或意見，请咨询专业人士。詳見醫學聲明。

本文主要讲述严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株及其发生的错义突变。

引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2冠状病毒）容易发生突变而产生變異株（英语：Variant (biology)），关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现，目前已有多个变异株在世界各地形成并传播。由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移，而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答，并影响疫苗的效力[1]，这种现象称为免疫逃避（英语：antigenic escape）。

已有五种被世界卫生组织認定为值得关注的变异株，它們分別為Alpha變異株、Beta變異株、Gamma變異株、Delta變異株以及Omicron變異株。

變異株對照表 编辑

最初檢出 代號 重要突变 传播 相对于武汉首次发现变体的临床变化
地區 日期 WHO标签[2] PANGO谱系 PHE（英语：Public Health England）变种[3] Nextstrain（英语：Nextstrain）分化枝 传播力 致命性 抗原性
  奈及利亞 2020年8月[4] — B.1.1.207 — — P681H[5] 多国[6] 无变化[5] 无变化[5]
  英国 2020年9月[2][7] Alpha[A] B.1.1.7[8] VOC-20DEC-01 20I (V1)[9] N501Y, 69–70del, P681H[5][10][11][12] 全球[7] 增高≈82% (43–130%) [13] 正在调查 抗体中和效力略降低[14]
2021年1月[3] B.1.1.7#E484K（書面挪威語：Lineage B.1.1.7 with E484K）[3] VOC-21FEB-02 20I (V1) N501Y, 69–70del, P681H,[5][15] E484K 多國 正在调查 正在调查 正在调查
  丹麥 2020年9月[16] — B.1.1.298（英语：Cluster 5）[17] — — Y453F, 69–70deltaHV[18] 可能灭绝[19]
  南非 2020年5月[2] Beta[A] B.1.351[5][8] VOC-20DEC-02 20H (V2)[20] N501Y, K417N, E484K[5][21][22][23][24][25] 多国[26] 增高≈50% (20–113%) 无变化[27] 显著降低抗体中和效力[28][29][14][30]
  日本
  巴西 		2020年11月[2] Gamma[A] P.1譜系[10][8] VOC-21JAN-02 20J (V3)[31] N501Y, E484K, K417T[5][32][33][34] 美国、巴西等68国[35] 增高≈161% (145–174%)[36][C] 致命性增高≈50% (20–90%) [37][B][D] 抗体中和效力降低[10]
  印度 2020年10月[2] Delta[A] B.1.617.2[39] VOC-21APR-02 21A[40] T478K, L452R, P681R 多国 增高≈198%[E] 正在调查[F] 抗体中和效力降低[46][30]
  美國 2020年3月[2][47] Epsilon B.1.427，B.1.429[47][48] — 21C[49] L452R[48] 多国[48] 增高≈20% (18.6%–24.2%)[50] 恢复期和疫苗接种后血清中和效力降低
  巴西 2020年4月[51] Zeta P.2 VUI-21JAN-01 20B/S.484K[52] E484K，D614G，V1176F[53] 多国[51] 单克隆抗体中和效力可能降低，疫苗接种后血清中和效力降低
  英国
  奈及利亞 		2020年12月[2][54] Eta B.1.525[55] VUI-21FEB-03 21D[56] E484K, F888L[55] 加拿大、美国、德国等69国[54] 单克隆抗体、恢复期和疫苗接种后血清中和效力可能降低
  菲律賓 2021年1月[2] Theta P.3[57] VUI-21MAR-02 21E[58] E484K，N501Y，P681H，141–143del[59] 菲律宾、美国等17国[57]
  印度 2020年10月[2] Kappa B.1.617.1[39] VUI-21APR-01 21B[60] E484Q, L452R, P681R[61] 多国 抗体中和效力降低[46]
  秘魯 2020年8月[62] Lambda C.37[63] VUI-21JUN-01 21G[64] G75V，T76I，247-253del，L452Q，F490S，D614G，T859N[65] 智利、美国、祕魯等44國[63]
  哥伦比亚 2021年1月 Mu B.1.621 VUI-21JUL-1 21H T95I、Y144S、Y145N、R346K、E484K
N501Y、D614G、P681H、D950N 		哥倫比亞、美國等60國
  博茨瓦纳 2021年11月 Omicron[A] B.1.1.529 VUI-21NOV-1 21K A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211
L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375F
K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A
Q493K、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547K
D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K 		博茨瓦纳、南非等数国 有可能提高[66] 相对于 Delta：−63% (69–74%) [67] 疫苗对有症状疾病的免疫效果降低[66]
  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 被世界卫生组织列为高關注變異株（英语：Variant of concern）
  2. ^ 2.0 2.1 The reported confidence or credible interval（英语：credible interval） has a low probability, so the estimated value can only be understood as possible, not certain nor likely.
  3. ^ Another study[37] has estimated that P.1 may be ≈100% (50% CrI, 70–140%) more transmissible.[B]
  4. ^ Preliminary results from a study in the Southern Region of Brazil found P.1 much more lethal for healthy young people. In groups without pre-existing conditions, the variant was found to be ≈490% (220–985%) more lethal for men in the 20-39 age group, ≈465% (190–1003%) more lethal for women in the 20-39 age group and ≈670% (401–1083%) for women in the 40-59 age group.[38]
  5. ^ About 64% (26–113%) more transmissible than the Alpha variant,[41] so 1.64 × 1.82 ≈ 2.98.
  6. ^ 相对2020年初参考病毒株，Delta變異株症状发展更快、更严重[42]；相對Alpha變異株，感染者住院率增加约一倍[43][44]。但根據英格蘭公共衛生署6月份報告，Delta變異株病例死亡率累計0.2%（如只計無注射疫苗則0.13%），而舊有Alpha變異株則為1.9%[45]

命名法 编辑

目前严重急性呼吸综合征冠状病毒2之變異株有三个常用的命名系统，分别由GISAID、Nextstrain（英语：Nextstrain）和PANGO建立。[2]

2021年5月31日，世界卫生组织宣布为重要變種病毒提供希臘字母标签，為免首先發現變種病毒的國家遭受歧視及汙名化。[68]其中，命名規則在Mu變異株後跳過了希臘字母「Nu」和「Xi」這兩個字母。據俄羅斯官方電視台《RT》報導，有不具名的WHO官員透露跳過「Nu」是為避免與發音相同的「New」混淆，至於跳過「Xi」則是由於這個字母的姓氏很普遍，為了避免「對區域的汙名化」[69][70][71][72]。

支序演化树 编辑

 
PANGO命名系统的SARS-CoV-2谱系图
 
随疫情发展，D614G变异（英语：Variants of SARS-CoV-2#D614G）（属B.1演化支[73]）逐渐成为目前全球主要传播的严重急性呼吸综合征冠状病毒2类型。[74]

以下为严重急性呼吸综合征冠状病毒2主要变种的支序演化树简化示意图。[75]

SARS-CoV-2
A.1–A.6

WIV04/2019（参考基因组[76]）

 
B.1[74]
B.1.1[94]
B.1.1.1
C.1

C.1.2 (B.1.1.1.1.2)[73][77]

 
 

C.36（書面挪威語：C.36） (B.1.1.1.36)[73]

 
 

Lambda變異株 (C.37谱系, B.1.1.1.37) [62][78][73]

 
 
 
 

Alpha變異株（B.1.1.7谱系） [A]

 
 

VOC-21FEB-02 (B.1.1.7#E484K)（書面挪威語：Lineage B.1.1.7 with E484K） [3][A]

 
 
B.1.1.28
 

Gamma變異株 (P.1谱系) [A]

 
 

P.2谱系（英语：SARS-CoV-2 Zeta variant） (Zeta) [79]

 
 

P.3谱系（英语：SARS-CoV-2 Theta variant） (Theta)

 
 
 

B.1.1.207（書面挪威語：Lineage B.1.1.207）

 
 

B.1.1.318 (AZ.1 - AZ.5)[73][80]

 
Omicron變異株（B.1.1.529谱系）[95][73][87][A]
 

BA.1[81]

 
BA.2[81]
 

BA.2.12 (BA.2.12.1)[82][83]

 
BA.2.75
 

BA.2.75.2 [84][85][86]

 
 

XBB （与 BA2.10.1 重组而形成） [87][88][89]

 
 

CH.1.1 [90]

 
 
 
 

BA.3[87]

 
BA.4[87]

BA.4.6 [87][91][92]

 
BA.5
 

BA.5.1[87]

 
 

BA.5.2 (BF.7, BA.5.2.1.7) [87][93]

 
 

BA.5.3 (BQ.1, BA.5.3.1.1.1.1.1) [87][94][86][89]

 
 
 
 
 

Beta變異株 (Beta, B.1.351谱系) [A]

 
 

CAL.20C（書面挪威語：California-koronavarianten） (Epsilon, B.1.427（書面挪威語：Lineage B.1.427）或B.1.429（書面挪威語：Lineage B.1.429）) [B]

 
 

B.1.525（英语：SARS-CoV-2 Eta variant） (Eta)

 
 

B.1.526（英语：SARS-CoV-2 Iota variant） (Iota)

 
B.1.617谱系[39][106][107]
 

B.1.617.1（英语：SARS-CoV-2 Kappa variant） (Kappa)

 
 
 

Delta變異株 (B.1.617.2) [96][A]

 
 

B.1.617.2.1（德语：B.1.617#B.1.617.2.1） (Delta Plus, AY.1) [97]

 
 

B.1.617.2.4.2 (Delta Plus, AY.4.2) [73][98]

 
 
 

B.1.617.3

 
 
 

B.1.618（書面挪威語：Lineage B.1.618） [99][100]

 
 

Mu變異株（B.1.621譜系）[101][102][103][104]

 
 

B.1.640 [105][87]

 
 
 
  1. ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 高關注變異株（英语：Variant of concern）
  2. ^ 美国疾病控制与预防中心宣布的引发关切的变种（英语：Variant of concern）

關注度之基準 编辑

  1. 需要关注的变异株（英语：Variant of concern）（英語：variant of concern，VOC）[108]
  2. 需要留意的变异株（英语：Variant of interest）（英語：variant of interest，VOI）[108]
  3. 监视下的变异株（英语：Variant under monitoring）（英語：variant under monitoring，VUM）[108]

現階段的主流變異株 编辑

需要關注的變異株（VOC） 编辑

病毒变异是一个自然随机过程，並引发关切的程度取决于其导致的传染性、发病率、死亡率，及逃避检测、免疫与治疗的风险。目前在世界的主要變異株为最早发现于非洲南部由希腊字母「Omicron」标记。

Omicron（B.1.1.529谱系） 编辑

主条目：嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Omicron變異株

B.1.1.529變異株（WHO命名為Omicron[109][110][111]）是目前變異最多的嚴重特殊傳染性肺炎病毒。據媒體簡報會上發佈：這個變異株有超過50個突變[112]，而單單在刺突蛋白的突變也有32種[110][113][112]。

  • 於2021年11月，在非洲南部的波札那和南非發現[112][114][111]。
  • 2021年11月24日，升級為「VUM」等級。
  • 2021年11月26日，再升級為「VOC」等級。
  • 目前變種分支亞型：BA.1（標準亞型）、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5，總共超過600種以上的「次分支」及「重組」變異株。
目前「VOC-VOI」等級（需要留意）變異株 编辑
  • XBB.1.5：被稱為「海怪克拉肯」（Kraken）
  • XBB.1.16：被稱為「大角星」（Arcturus）
  • EG.5：被稱為「艾里斯」（Eris）
目前「VOC-VUM」等級（監視）變異株 编辑
  • BA.2.75：被稱為「半人馬座」（Centaurus）
  • CH.1.1：被稱為「雙頭犬」（Orthrus）
  • XBB：被稱為「神獸格里芬」（Gryphon）
  • XBB.1.9.1
  • XBB.1.9.2
  • XBB.2.3
  • BA.2.86：被稱為「皮羅拉」（Pirola）

過去的主流變異株 编辑

需要关注的变异株（Previous VOC） 编辑

Alpha（B.1.1.7谱系） 编辑

主条目：嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Alpha變異株

B.1.1.7谱系，WHO命名为“Alpha”，又称VOC 202012/01，並称501Y.V1变种。部分與「N501Y」突變有關。有23個病毒基因變異點。

  • 在2020年9月，首次从英国東南方的肯特郡（Kent）所發現采集的样本中发现[115]。
  • 2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
  • 2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

Beta（B.1.351谱系） 编辑

主条目：嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Beta變異株

B.1.351谱系，WHO命名為「Beta」，又称501Y.V2变种。與「N501Y」、「K417N」、「E484K」突變有關，与先前的新冠病毒变种相比，501Y.V2变种的传染率增加约50%。[116]有证据表明，501Y.V2变种的刺突蛋白突变E484K可能会影响一些多克隆抗体和单克隆抗体的中和作用。当前尚未有证据表明该变种影響嚴重特殊傳染性肺炎的嚴重程度[117]。。

Gamma（P.1谱系） 编辑

主条目：嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Gamma變異株

P.1谱系，WHO命名為「Gamma」，又称501Y.V3变种。包括三個相關突變：「N501Y」、「E484K」和「K417T」。

  • 2020年11月，在巴西发现。
  • 2021年1月2日，在东京国际机场从四名巴西飞抵日本的旅客发现，由日本国立感染症研究所报道[117]。
  • 2021年1月11日，升級為「VOC」等級。
  • 2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

Delta（B.1.617.2谱系） 编辑

主条目：嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Delta變異株

B.1.617谱系是2020年10月于印度发现的一种双突变變異株。直到2021年1月前，该變異株的感染人数都寥寥无几。4月时该變異株已经蔓延至超过20个国家，遍及南极洲和南美洲以外的所有大洲。[120][121][122]

在该變異株约15个谱系定义突变中包括刺突蛋白突变D111D（同义突变（英语：synonymous substitution））、G142D[123]、P681R、E484Q[107]、L452R[124]，其中后两个突变可能会影响恢复期血浆和单克隆抗体的中和作用。[125]

英国公共卫生部（英语：Public Health England）于5月7日将B.1.617.2列为“高關注變異株（英语：Variant of concern）”，命名为VOC-21APR-02。[96][126]

5月10日WHO称，因为B.1.617较高的传染性，该变异正被列为全球范围内受关切变种[127]。6月1日WHO将受关切变种限定为B.1.617谱系当中的B.1.617.2（Delta）变种。[128] 稍后WHO將B.1.617.2命名為「Delta」。

5月21日，越南宣布发现一种传播性更高，由Delta變異株加上Alpha變異株上突变的病毒株。[129]6月3日，WHO澄清该病毒株不符合新混合变种的定义，并将其列为带有突变的Delta变种。[130]

据报道，Delta變異株基本传染数R0大约为6（有说法称其高达8或9）[131]，是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本传染数的2倍以上。[132]

  • 2021年4月4日，為升級為「VOI」等級。
  • 2021年5月11日，為升級為「VOC」等級。
  • 2022年6月7日，降級為「Previous VOC」等級。

需要留意的变异株(Previous VOI) 编辑

Epsilon（B.1.427譜系、B.1.429譜系） 编辑

B.1.427譜系、B.1.429譜系，WHO命名為「Epsilon」，於2020年3月在美國加州首次發現。

  • 2021年3月5日，升級為「VOI」等級。
  • 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

Zeta（P.2譜系） 编辑

P.2譜系，WHO命名為「Zeta」，於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現。

  • 2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
  • 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

Eta（B.1.525譜系） 编辑

B.1.525譜系，WHO命名為「Eta」，於2020年12月在奈及利亞首次發現。

  • 2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
  • 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

Iota（B.1.526譜系） 编辑

B.1.526譜系，WHO命名為「Iota」，於2020年11月在美國紐約首次發現。

  • 2021年3月20日，升級為「VOI」等級。
  • 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

Theta（P.3譜系） 编辑

P.3譜系，WHO命名為「Theta」，於2021年1月在菲律賓首次發現。

  • 2021年3月24日，升級為「VOI」等級。
  • 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

Kappa（B.1.617.1） 编辑

主条目：嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型變異株B.1.617譜系

B.1.617譜系的三個子譜系之一當中的「B.1.617.1」，WHO命名為「Kappa」，於2020年10月在印度首次發現。

  • 2021年4月4日，升級為「VOI」等級。
  • 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

Lambda（C.37谱系） 编辑

主条目：嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Lambda變異株

C.37譜系，WHO命名為「Lambda」，於2020年8月在秘魯首次發現。

  • 2021年6月14日，升級為「VOI」等級。
  • 2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。

Mu（B.1.621譜系） 编辑

主条目：嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Mu變異株

B.1.621譜系，WHO命名為「Mu」，於2021年1月在哥倫比亞首次發現。

  • 2021年8月30日，升級為「VOI」等級。
  • 2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。

备注 编辑

  1. ^ 臺灣疾管署按美國CDC定義分三類，稱為：需留意變異株(Variants of Interest, VOI)、高關注變異株(Variants of Concern, VOC)、高衝擊變異株(Variant of High Consequence)。

参见 编辑

参考文献 编辑

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外部链接 编辑

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十月 19, 2023
严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株, 维基百科中的醫學内容仅供参考, 並不能視作專業意見, 如需獲取醫療幫助或意見, 请咨询专业人士, 詳見醫學聲明, 本文主要讲述及其发生的错义突变, 引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2, sars, 2冠状病毒, 容易发生突变而产生變異株, 英语, variant, biology, 关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现, 目前已有多个变异株在世界各地形成并传播, 由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移, 而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答, 并影响疫苗的效力,. 维基百科中的醫學内容仅供参考 並不能視作專業意見 如需獲取醫療幫助或意見 请咨询专业人士 詳見醫學聲明 本文主要讲述严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株及其发生的错义突变 引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2 SARS CoV 2冠状病毒 容易发生突变而产生變異株 英语 Variant biology 关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现 目前已有多个变异株在世界各地形成并传播 由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移 而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答 并影响疫苗的效力 1 这种现象称为免疫逃避 英语 antigenic escape 已有五种被世界卫生组织認定为值得关注的变异株 它們分別為Alpha變異株 Beta變異株 Gamma變異株 Delta變異株以及Omicron變異株 目录 1 變異株對照表 2 命名法 3 支序演化树 4 關注度之基準 5 現階段的主流變異株 5 1 需要關注的變異株 VOC 5 1 1 Omicron B 1 1 529谱系 5 1 1 1 目前 VOC VOI 等級 需要留意 變異株 5 1 1 2 目前 VOC VUM 等級 監視 變異株 6 過去的主流變異株 6 1 需要关注的变异株 Previous VOC 6 1 1 Alpha B 1 1 7谱系 6 1 2 Beta B 1 351谱系 6 1 3 Gamma P 1谱系 6 1 4 Delta B 1 617 2谱系 6 2 需要留意的变异株 Previous VOI 6 2 1 Epsilon B 1 427譜系 B 1 429譜系 6 2 2 Zeta P 2譜系 6 2 3 Eta B 1 525譜系 6 2 4 Iota B 1 526譜系 6 2 5 Theta P 3譜系 6 2 6 Kappa B 1 617 1 6 2 7 Lambda C 37谱系 6 2 8 Mu B 1 621譜系 7 备注 8 参见 9 参考文献 10 外部链接變異株對照表 编辑最初檢出 代號 重要突变 传播 相对于武汉首次发现变体的临床变化地區 日期 WHO标签 2 PANGO谱系 PHE 英语 Public Health England 变种 3 Nextstrain 英语 Nextstrain 分化枝 传播力 致命性 抗原性 nbsp 奈及利亞 000000002020 08 01 0000 2020年8月 4 B 1 1 207 P681H 5 多国 6 无变化 5 无变化 5 nbsp 英国 000000002020 09 01 0000 2020年9月 2 7 Alpha A B 1 1 7 8 VOC 20DEC 01 20I V1 9 N501Y 69 70del P681H 5 10 11 12 全球 7 增高 6999820000000000000 82 7001430000000000000 43 7000130000000000000 130 13 正在调查 抗体中和效力略降低 14 000000002021 01 01 0000 2021年1月 3 B 1 1 7 E484K 書面挪威語 Lineage B 1 1 7 with E484K 3 VOC 21FEB 02 20I V1 N501Y 69 70del P681H 5 15 E484K 多國 正在调查 正在调查 正在调查 nbsp 丹麥 000000002020 09 01 0000 2020年9月 16 B 1 1 298 英语 Cluster 5 17 Y453F 69 70deltaHV 18 可能灭绝 19 nbsp 南非 000000002020 05 01 0000 2020年5月 2 Beta A B 1 351 5 8 VOC 20DEC 02 20H V2 20 N501Y K417N E484K 5 21 22 23 24 25 多国 26 增高 6999500000000000000 50 7001200000000000000 20 7000113000000000000 113 无变化 27 显著降低抗体中和效力 wbr 28 29 14 30 nbsp 日本 nbsp 巴西 000000002020 11 01 0000 2020年11月 2 Gamma A P 1譜系 10 8 VOC 21JAN 02 20J V3 31 N501Y E484K K417T 5 32 33 34 美国 巴西等68国 35 增高 7000161000000000000 161 7002145000000000000 145 7000174000000000000 174 wbr 36 C 致命性增高 6999500000000000000 50 7001200000000000000 20 6999900000000000000 90 wbr 37 B D 抗体中和效力降低 wbr 10 nbsp 印度 000000002020 10 01 0000 2020年10月 2 Delta A B 1 617 2 39 VOC 21APR 02 21A 40 T478K L452R P681R 多国 增高 7000198000000000000 198 wbr E 正在调查 F 抗体中和效力降低 46 30 nbsp 美國 000000002020 03 01 0000 2020年3月 2 47 Epsilon B 1 427 B 1 429 47 48 21C 49 L452R 48 多国 48 增高 6999200000000000000 20 6999186000000000000 18 6 24 2 wbr 50 恢复期和疫苗接种后血清中和效力降低 nbsp 巴西 000000002020 04 01 0000 2020年4月 51 Zeta P 2 VUI 21JAN 01 20B S 484K 52 E484K D614G V1176F 53 多国 51 单克隆抗体中和效力可能降低 疫苗接种后血清中和效力降低 nbsp 英国 nbsp 奈及利亞 000000002020 12 01 0000 2020年12月 2 54 Eta B 1 525 55 VUI 21FEB 03 21D 56 E484K F888L 55 加拿大 美国 德国等69国 54 单克隆抗体 恢复期和疫苗接种后血清中和效力可能降低 nbsp 菲律賓 000000002021 01 01 0000 2021年1月 2 Theta P 3 57 VUI 21MAR 02 21E 58 E484K N501Y P681H 141 143del 59 菲律宾 美国等17国 57 nbsp 印度 000000002020 10 01 0000 2020年10月 2 Kappa B 1 617 1 39 VUI 21APR 01 21B 60 E484Q L452R P681R 61 多国 抗体中和效力降低 46 nbsp 秘魯 000000002020 08 01 0000 2020年8月 62 Lambda C 37 63 VUI 21JUN 01 21G 64 G75V T76I 247 253del L452Q F490S D614G T859N 65 智利 美国 祕魯等44國 63 nbsp 哥伦比亚 2021年1月 Mu B 1 621 VUI 21JUL 1 21H T95I Y144S Y145N R346K E484KN501Y D614G P681H D950N 哥倫比亞 美國等60國 nbsp 博茨瓦纳 2021年11月 Omicron A B 1 1 529 VUI 21NOV 1 21K A67V D69 70 T95I G142D D143 145 D211L212I ins214EPE G339D S371L S373P S375FK417N N440K G446S S477N T478K E484AQ493K G496S Q498R N501Y Y505H T547KD614G H655Y N679K P681H N764K 博茨瓦纳 南非等数国 有可能提高 66 相对于 Delta 3000370000000000000 63 7001690000000000000 69 6999740000000000000 74 67 疫苗对有症状疾病的免疫效果降低 wbr 66 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 被世界卫生组织列为高關注變異株 英语 Variant of concern 2 0 2 1 The reported confidence or credible interval 英语 credible interval has a low probability so the estimated value can only be understood as possible not certain nor likely Another study 37 has estimated that P 1 may be 7000100000000000000 100 50 CrI 7001700000000000000 70 7000140000000000000 140 more transmissible B Preliminary results from a study in the Southern Region of Brazil found P 1 much more lethal for healthy young people In groups without pre existing conditions the variant was found to be 7000490000000000000 490 7002220000000000000 220 7000985000000000000 985 more lethal for men in the 20 39 age group 7000465000000000000 465 7002190000000000000 190 7001100300000000000 1003 more lethal for women in the 20 39 age group and 7000670000000000000 670 7002401000000000000 401 7001108300000000000 1083 for women in the 40 59 age group 38 About 6999640000000000000 64 7001260000000000000 26 7000113000000000000 113 more transmissible than the Alpha variant 41 so 1 64 1 82 2 98 相对2020年初参考病毒株 Delta變異株症状发展更快 更严重 42 相對Alpha變異株 感染者住院率增加约一倍 43 44 但根據英格蘭公共衛生署6月份報告 Delta變異株病例死亡率累計0 2 如只計無注射疫苗則0 13 而舊有Alpha變異株則為1 9 45 命名法 编辑目前严重急性呼吸综合征冠状病毒2之變異株有三个常用的命名系统 分别由GISAID Nextstrain 英语 Nextstrain 和PANGO建立 2 2021年5月31日 世界卫生组织宣布为重要變種病毒提供希臘字母标签 為免首先發現變種病毒的國家遭受歧視及汙名化 68 其中 命名規則在Mu變異株後跳過了希臘字母 Nu 和 Xi 這兩個字母 據俄羅斯官方電視台 RT 報導 有不具名的WHO官員透露跳過 Nu 是為避免與發音相同的 New 混淆 至於跳過 Xi 則是由於這個字母的姓氏很普遍 為了避免 對區域的汙名化 69 70 71 72 支序演化树 编辑 nbsp PANGO命名系统的SARS CoV 2谱系图 nbsp 随疫情发展 D614G变异 英语 Variants of SARS CoV 2 D614G 属B 1演化支 73 逐渐成为目前全球主要传播的严重急性呼吸综合征冠状病毒2类型 74 以下为严重急性呼吸综合征冠状病毒2主要变种的支序演化树简化示意图 75 SARS CoV 2 A 1 A 6 WIV04 2019 参考基因组 76 B 1 74 B 1 1 94 B 1 1 1 C 1 C 1 2 B 1 1 1 1 2 73 77 C 36 書面挪威語 C 36 B 1 1 1 36 73 Lambda變異株 C 37谱系 B 1 1 1 37 62 78 73 Alpha變異株 B 1 1 7谱系 A VOC 21FEB 02 B 1 1 7 E484K 書面挪威語 Lineage B 1 1 7 with E484K 3 A B 1 1 28 Gamma變異株 P 1谱系 A P 2谱系 英语 SARS CoV 2 Zeta variant Zeta 79 P 3谱系 英语 SARS CoV 2 Theta variant Theta B 1 1 207 書面挪威語 Lineage B 1 1 207 B 1 1 318 AZ 1 AZ 5 73 80 Omicron變異株 B 1 1 529谱系 95 73 87 A BA 1 81 BA 2 81 BA 2 12 BA 2 12 1 82 83 BA 2 75 BA 2 75 2 84 85 86 XBB 与 BA2 10 1 重组而形成 87 88 89 CH 1 1 90 BA 3 87 BA 4 87 BA 4 6 87 91 92 BA 5 BA 5 1 87 BA 5 2 BF 7 BA 5 2 1 7 87 93 BA 5 3 BQ 1 BA 5 3 1 1 1 1 1 87 94 86 89 Beta變異株 Beta B 1 351谱系 A CAL 20C 書面挪威語 California koronavarianten Epsilon B 1 427 書面挪威語 Lineage B 1 427 或B 1 429 書面挪威語 Lineage B 1 429 B B 1 525 英语 SARS CoV 2 Eta variant Eta B 1 526 英语 SARS CoV 2 Iota variant Iota B 1 617谱系 39 106 107 B 1 617 1 英语 SARS CoV 2 Kappa variant Kappa Delta變異株 B 1 617 2 96 A B 1 617 2 1 德语 B 1 617 B 1 617 2 1 Delta Plus AY 1 97 B 1 617 2 4 2 Delta Plus AY 4 2 73 98 B 1 617 3 B 1 618 書面挪威語 Lineage B 1 618 99 100 Mu變異株 B 1 621譜系 101 102 103 104 B 1 640 105 87 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5 高關注變異株 英语 Variant of concern 美国疾病控制与预防中心宣布的引发关切的变种 英语 Variant of concern 關注度之基準 编辑世界衛生組織將變異株分為三個等級 8 註 1 需要关注的变异株 英语 Variant of concern 英語 variant of concern VOC 108 需要留意的变异株 英语 Variant of interest 英語 variant of interest VOI 108 监视下的变异株 英语 Variant under monitoring 英語 variant under monitoring VUM 108 現階段的主流變異株 编辑需要關注的變異株 VOC 编辑 病毒变异是一个自然随机过程 並引发关切的程度取决于其导致的传染性 发病率 死亡率 及逃避检测 免疫与治疗的风险 目前在世界的主要變異株为最早发现于非洲南部由希腊字母 Omicron 标记 Omicron B 1 1 529谱系 编辑 主条目 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Omicron變異株 B 1 1 529變異株 WHO命名為Omicron 109 110 111 是目前變異最多的嚴重特殊傳染性肺炎病毒 據媒體簡報會上發佈 這個變異株有超過50個突變 112 而單單在刺突蛋白的突變也有32種 110 113 112 於2021年11月 在非洲南部的波札那和南非發現 112 114 111 2021年11月24日 升級為 VUM 等級 2021年11月26日 再升級為 VOC 等級 目前變種分支亞型 BA 1 標準亞型 BA 2 BA 3 BA 4 BA 5 總共超過600種以上的 次分支 及 重組 變異株 目前 VOC VOI 等級 需要留意 變異株 编辑 XBB 1 5 被稱為 海怪克拉肯 Kraken XBB 1 16 被稱為 大角星 Arcturus EG 5 被稱為 艾里斯 Eris 目前 VOC VUM 等級 監視 變異株 编辑 BA 2 75 被稱為 半人馬座 Centaurus CH 1 1 被稱為 雙頭犬 Orthrus XBB 被稱為 神獸格里芬 Gryphon XBB 1 9 1 XBB 1 9 2 XBB 2 3 BA 2 86 被稱為 皮羅拉 Pirola 過去的主流變異株 编辑需要关注的变异株 Previous VOC 编辑 Alpha B 1 1 7谱系 编辑 主条目 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Alpha變異株 B 1 1 7谱系 WHO命名为 Alpha 又称VOC 202012 01 並称501Y V1变种 部分與 N501Y 突變有關 有23個病毒基因變異點 在2020年9月 首次从英国東南方的肯特郡 Kent 所發現采集的样本中发现 115 2020年12月18日 升級為 VOC 等級 2022年3月9日 降級為 Previous VOC 等級 Beta B 1 351谱系 编辑 主条目 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Beta變異株 B 1 351谱系 WHO命名為 Beta 又称501Y V2变种 與 N501Y K417N E484K 突變有關 与先前的新冠病毒变种相比 501Y V2变种的传染率增加约50 116 有证据表明 501Y V2变种的刺突蛋白突变E484K可能会影响一些多克隆抗体和单克隆抗体的中和作用 当前尚未有证据表明该变种影響嚴重特殊傳染性肺炎的嚴重程度 117 2020年5月 在南非东开普省的纳尔逊 曼德拉湾发现 2020年12月18日 被南非科学家和卫生官员报道 118 119 2020年12月18日 升級為 VOC 等級 2022年3月9日 降級為 Previous VOC 等級 Gamma P 1谱系 编辑 主条目 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Gamma變異株 P 1谱系 WHO命名為 Gamma 又称501Y V3变种 包括三個相關突變 N501Y E484K 和 K417T 2020年11月 在巴西发现 2021年1月2日 在东京国际机场从四名巴西飞抵日本的旅客发现 由日本国立感染症研究所报道 117 2021年1月11日 升級為 VOC 等級 2022年3月9日 降級為 Previous VOC 等級 Delta B 1 617 2谱系 编辑 主条目 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Delta變異株 B 1 617谱系是2020年10月于印度发现的一种双突变變異株 直到2021年1月前 该變異株的感染人数都寥寥无几 4月时该變異株已经蔓延至超过20个国家 遍及南极洲和南美洲以外的所有大洲 120 121 122 在该變異株约15个谱系定义突变中包括刺突蛋白突变D111D 同义突变 英语 synonymous substitution G142D 123 P681R E484Q 107 L452R 124 其中后两个突变可能会影响恢复期血浆和单克隆抗体的中和作用 125 英国公共卫生部 英语 Public Health England 于5月7日将B 1 617 2列为 高關注變異株 英语 Variant of concern 命名为VOC 21APR 02 96 126 5月10日WHO称 因为B 1 617较高的传染性 该变异正被列为全球范围内受关切变种 127 6月1日WHO将受关切变种限定为B 1 617谱系当中的B 1 617 2 Delta 变种 128 稍后WHO將B 1 617 2命名為 Delta 5月21日 越南宣布发现一种传播性更高 由Delta變異株加上Alpha變異株上突变的病毒株 129 6月3日 WHO澄清该病毒株不符合新混合变种的定义 并将其列为带有突变的Delta变种 130 据报道 Delta變異株基本传染数R0大约为6 有说法称其高达8或9 131 是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本传染数的2倍以上 132 2021年4月4日 為升級為 VOI 等級 2021年5月11日 為升級為 VOC 等級 2022年6月7日 降級為 Previous VOC 等級 需要留意的变异株 Previous VOI 编辑 Epsilon B 1 427譜系 B 1 429譜系 编辑 B 1 427譜系 B 1 429譜系 WHO命名為 Epsilon 於2020年3月在美國加州首次發現 2021年3月5日 升級為 VOI 等級 2021年7月6日 降級為 Previous VOI 等級 Zeta P 2譜系 编辑 P 2譜系 WHO命名為 Zeta 於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現 2021年3月17日 升級為 VOI 等級 2021年7月6日 降級為 Previous VOI 等級 Eta B 1 525譜系 编辑 B 1 525譜系 WHO命名為 Eta 於2020年12月在奈及利亞首次發現 2021年3月17日 升級為 VOI 等級 2021年9月20日 降級為 Previous VOI 等級 Iota B 1 526譜系 编辑 B 1 526譜系 WHO命名為 Iota 於2020年11月在美國紐約首次發現 2021年3月20日 升級為 VOI 等級 2021年9月20日 降級為 Previous VOI 等級 Theta P 3譜系 编辑 P 3譜系 WHO命名為 Theta 於2021年1月在菲律賓首次發現 2021年3月24日 升級為 VOI 等級 2021年7月6日 降級為 Previous VOI 等級 Kappa B 1 617 1 编辑 主条目 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型變異株B 1 617譜系 B 1 617譜系的三個子譜系之一當中的 B 1 617 1 WHO命名為 Kappa 於2020年10月在印度首次發現 2021年4月4日 升級為 VOI 等級 2021年9月20日 降級為 Previous VOI 等級 Lambda C 37谱系 编辑 主条目 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Lambda變異株 C 37譜系 WHO命名為 Lambda 於2020年8月在秘魯首次發現 2021年6月14日 升級為 VOI 等級 2022年3月9日 降級為 Previous VOI 等級 Mu B 1 621譜系 编辑 主条目 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Mu變異株 B 1 621譜系 WHO命名為 Mu 於2021年1月在哥倫比亞首次發現 2021年8月30日 升級為 VOI 等級 2022年3月9日 降級為 Previous VOI 等級 备注 编辑 臺灣疾管署按美國CDC定義分三類 稱為 需留意變異株 Variants of Interest VOI 高關注變異株 Variants of Concern VOC 高衝擊變異株 Variant of High Consequence 参见 编辑严重急性呼吸综合征冠状病毒2 变种 突变 错义突变参考文献 编辑 SARS CoV 2 spike variants exhibit differential infectivity and neutralization resistance to convalescent or post vaccination sera 2021 03 24 原始内容存档于2021 12 08 2 0 2 1 2 2 2 3 2 4 2 5 2 6 2 7 2 8 2 9 追踪SARS CoV 2变体 世界卫生组织 2021 06 18 原始内容存档于2021 12 14 3 0 3 1 3 2 3 3 Variants distribution of case data 9 July 2021 GOV UK 2021 07 10 原始内容存档于2021 07 14 英语 Lineage B 1 1 207 cov lineages org 2021 07 15 原始内容存档于2021 07 18 5 0 5 1 5 2 5 3 5 4 5 5 5 6 5 7 CDC Emerging SARS CoV 2 Variants Centers for Disease Control and Prevention 2021 01 04 原始内容存档于2021 05 15 美国英语 nbsp 该来源属于公有领域 本文含有该来源内容 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cluster 5 siden den 15 september hvorfor Statens Serums Institut vurderer at denne variant med stor sandsynlighed er doet ud With high probability died out Variant 20H Beta V2 covariants org 2021 07 04 原始内容存档于2021 07 09 Lowe Derek The New Mutations In the Pipeline American Association for the Advancement of Science 2020 12 22 2020 12 23 原始内容存档于2021 01 29 I should note here that there s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns This one has eight mutations in the Spike protein with three of them K417N E484K and N501Y that may have some functional role Kupferschmidt Kai New coronavirus variants could cause more reinfections require updated vaccines Science American Association for the Advancement of Science 2021 01 15 2021 02 02 doi 10 1126 science abg6028 原始内容存档于2021 02 22 Coronavirus variants and mutations The science explained BBC News 2021 01 06 2021 02 02 原始内容存档于2021 02 22 英国英语 Brief report New Variant Strain of SARS CoV 2 Identified in Travelers from 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Nicod Jerome Goldstone Robert Ambrose Karen Hindmarsh Steve Beale Rupert Riddell Andrew Gamblin Steve Howell Michael Kassiotis George Libri Vincenzo Williams Bryan Swanton Charles Gandhi Sonia Bauer David LV Neutralising antibody activity against SARS CoV 2 VOCs B 1 617 2 and B 1 351 by BNT162b2 vaccination The Lancet 2021 06 397 10292 2331 2333 doi 10 1016 S0140 6736 21 01290 3 Variant 20J Gamma V3 covariants org 2021 06 26 原始内容存档于2021 06 30 Voloch Carolina M et al 2020 Genomic characterization of a novel SARS CoV 2 lineage from Rio de Janeiro Brazil 页面存档备份 存于互联网档案馆 full text see figure 5 Retrieved 15 January 2021 doi 10 1101 2020 12 23 20248598 via MedRxiv Lovett Samuel What we know about the new Brazilian coronavirus variant 獨立報 London 2021 01 14 2021 01 14 原始内容存档于2021 01 15 Genomic characterisation of an emergent SARS CoV 2 lineage in Manaus preliminary findings Virological 2021 01 12 2021 01 23 原始内容存档于2021 05 20 英语 Lineage P 1 cov lineages org 2021 08 11 原始内容存档于2022 01 06 Coutinho 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can be between 1 7 and 2 4 times more transmissible 50 BCI 2 0 median with a 99 posterior probability of being gt 1 than local non P1 lineages and can evade 21 to 46 50 BCI 32 median with a 95 posterior probability of being able to evade at least 10 of protective immunity elicited by previous infection with non P 1 lineages corresponding to 54 to 79 50 BCI 68 median cross immunity We estimate that infections are 1 2 to 1 9 times more likely 50 BCI median 1 5 90 posterior probability of being gt 1 to result in mortality in the period after the emergence of P 1 compared with before although posterior estimates of this relative risk are also correlated with inferred cross immunity More broadly the recent epidemic in Manaus has strained the city s health care system leading to inadequate access to medical care We therefore cannot determine whether the estimated increase in relative mortality risk is due to P 1 infection stresses on the Manaus health care system or both Detailed clinical investigations of P 1 infections are needed Freitas AR Lemos DR Beckedorff OA Cavalcanti LP Siqueira AM Mello RC et al The increase in the risk of severity and fatality rate of covid 19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern VOC SARS CoV 2 P 1 was greater among young adults without pre existing risk conditions Preprint 2021 04 19 2021 05 27 doi 10 1101 2021 04 13 21255281 原始内容存档于2021 06 04 通过medRxiv Female 20 to 39 years old with no pre existing risk conditions were at risk of death 5 65 times higher in February 95 CI 2 9 11 03 p lt 0 0001 and in the age group of 40 and 59 years old this risk was 7 7 times higher 95 CI 5 01 11 83 p lt 0 0001 comparing with November December The heterogeneity observed between the age groups was greater when we analyzed the subgroup of the population without preexisting risk conditions where we found that the CFR in the female sex in the second wave was 1 95 times 95 CI 1 38 2 76 the CFR of the first wave in the population over 85 years old and was 7 7 times 95 CI 5 01 11 83 p lt 0 0001 in the population between 40 and 59 years old In the male population without previous diseases the CFR in the second wave was 2 18 95 CI 1 62 2 93 times the CFR of the first wave in the population over 85 years old and 5 9 95 CI 3 2 10 85 p lt 0 0001 higher in the range between 20 and 39 years old 39 0 39 1 39 2 PANGO lineages cov lineages org 2021 04 17 原始内容存档于2021 06 03 Variant 21A Delta covariants org 2021 06 29 原始内容存档于2021 07 29 SARS CoV 2 variants of concern and variants under investigation in England technical briefing 15 PDF Briefing Public Health England 2021 06 11 2021 06 15 原始内容存档 PDF 于2021 07 04 In China s latest outbreak doctors say the infected get sicker faster 2021 06 12 原始内容存档于2022 03 24 SARS CoV 2 Delta VOC in Scotland demographics risk of hospital admission and vaccine effectiveness 2021 06 14 原始内容存档于2021 06 15 Hospital admission and emergency care attendance risk for SARS CoV 2 delta B 1 617 2 compared with 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