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嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Gamma變異株
嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型-Gamma變異株（英語：SARS-CoV-2 Gamma variant），別名P.1譜系（英語：Lineage P.1）[a] ，是嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）的一種變異株，於2021年1月6日首次在日本東京發現[4][8]。依據世界衛生組織命名法，P.1譜系被命名為Gamma變異株，目前Gamma變異株被列為「高關注變異株」（VOC）[9]。
| Gamma | |
| 一般细节 | |
|---|---|
| 世卫组织指称 | Gamma |
| 其它名称 | 20J/501Y.V3、高关注变异株-202101/02（VOC-202101/02）[1]、巴西变种病毒[2][3][4] |
| 谱系 | P.1 |
| 首次检测到 | 日本东京 |
| 报告日期 | 2021年1月6日 |
| 地位 | 需要关注的变异株 |
| 病例地图 | |
圖示： 超過1000個確診個案 500–999個確診個案 100–499個確診個案 2–99個確診個案 1個確診個案 無確診個案或無數據 | |
| 主要变异株 | |
Gamma變異株一共有17種氨基酸變化，其中10種發生在刺突蛋白，包括了3種特別引起關注的突變： 「N501Y」、「E484K」和「K417T」[4][10]。
Gamma變異株和在巴西傳播的另一種變異株：Zeta變異株（P.2譜系）有顯著的差異，Zeta變異株只攜帶「E484K」突變，並無其他兩種突變：「N501Y」和「K417T」[11][10]。
歷史 编辑
2021年1月6日，日本國立感染症研究所從四位抵達東京的旅客中檢測出Gamma變異株，他們都曾去過巴西亞馬遜州[4][8]。Gamma變異株是造成2021年初2019冠狀病毒病病例在亞馬遜州首府瑪瑙斯快速增加的原因之一。
2021年1月12日，巴西－英國CADDE中心在瑪瑙斯確認13例P.1譜系病例[4]。在2020年3月至11月期間從瑪瑙斯收集的27份樣本中沒有發現P.1譜系，然而在2020年12月15日至23日期間從同城收集到的樣本中P.1譜系占42%（n=13/31），接著在2020年12月15日至31日期間收集的樣本中P.1譜系占52.2%（n=35/67），在2021年1月1日至9日期間收集的樣本中P.1譜系更達到了85.4%（n=41/48）。從2020年12月下旬到2021年1月9日期間，P.2譜系（Zeta變異株）迅速被P.1譜系取代，瑪瑙斯P.2譜系所占比重由25.4%急劇下降到6.3%[4][12]。
奧斯瓦爾多·克魯茲基金會研究人員對亞馬遜州250份基因組樣本進行了研究，他們發現相比B.1.1.28譜系和B.1.195譜系病例，P.1譜系感染可以產生大約10倍的病毒載量，傳播力為2.2倍。P.1譜系對於18歲到59歲人群和60歲以上的老年人群具有同等的傳播力，顯示P.1譜系更易在年輕人之間傳播，無性別差異[13]。
CADDE中心的研究顯示P.1譜系傳播力比以往的變異株高兩倍，而且可以避開大約32%的獲得性免疫（比如先前感染冠狀病毒），引發再次感染的可能性。P.1譜系的病死率比以往的變異株高1.5倍[14][15][16]。
病例統計 编辑
| 各國P.1譜系病例（截至2021年8月9日） GISAID[17] | ||
|---|---|---|
| 國家或地區 | 病例數 | 日期 |
| 美國 | 23,373 | 2021年6月29日 |
| 巴西 | 16,200 | 2021年6月13日 |
| 加拿大 | 8,070 | 2021年7月5日 |
| 比利時 | 1,974 | 2021年7月1日 |
| 墨西哥 | 2,278 | 2021年6月24日 |
| 智利 | 2,522 | 2021年6月13日 |
| 西班牙 | 957 | 2021年6月26日 |
| 義大利 | 2,181 | 2021年6月29日 |
| 荷蘭 | 566 | 2021年6月17日 |
| 哥伦比亚 | 346 | 2021年6月1日 |
| 德國 | 806 | 2021年6月22日 |
| 法國 | 577 | 2021年6月23日 |
| 千里達及托巴哥 | 255 | 2021年6月15日 |
| 阿根廷 | 329 | 2021年5月12日 |
| 法属圭亚那 | 318 | 2021年6月11日 |
| 英国 | 224 | 2021年6月23日 |
| 葡萄牙 | 190 | 2021年6月23日 |
| 乌拉圭 | 173 | 2021年4月15日 |
| 瑞士 | 187 | 2021年6月21日 |
| 阿鲁巴 | 121 | 2021年6月20日 |
| 日本 | 118 | 2021年6月13日 |
| 苏里南 | 117 | 2021年5月25日 |
| 瑞典 | 141 | 2021年6月14日 |
| 巴拉圭 | 54 | 2021年5月4日 |
| 丹麥 | 63 | 2021年6月29日 |
| 海地 | 47 | 2021年5月20日 |
| 盧森堡 | 2 | 2021年4月19日 |
| 芬兰 | 7 | 2021年5月23日 |
| 孟加拉国 | 1 | 2021年2月18日 |
| 巴巴多斯 | 3 | 2021年5月22日 |
| 开曼群岛 | 1 | 2021年6月17日 |
| 法罗群岛 | 1 | 2021年1月12日 |
| 關島 | 1 | 2021年4月30日 |
| 圭亚那 | 3 | 2021年1月18日 |
| 菲律賓 | 2 | 2021年2月21日 |
| 波多黎各 | 1 | 2021年6月9日 |
| 哥斯达黎加 | 69 | 2021年6月29日 |
| 厄瓜多尔 | 145 | 2021年7月21日 |
| 土耳其 | 88 | 2021年6月29日 |
| 秘魯 | 42 | 2021年6月14日 |
| 多米尼加 | 38 | 2021年6月10日 |
| 馬爾他 | 32 | 2021年6月22日 |
| 愛爾蘭 | 29 | 2021年6月21日 |
| 奥地利 | 28 | 2021年6月18日 |
| 波蘭 | 24 | 2021年7月14日 |
| 捷克 | 20 | 2021年6月22日 |
| 以色列 | 19 | 2021年7月6日 |
| 玻利维亚 | 17 | 2021年6月2日 |
| 委內瑞拉 | 17 | 2021年5月26日 |
| 库拉索 | 14 | 2021年6月24日 |
| 羅馬尼亞 | 12 | 2021年6月12日 |
| 韩国 | 10 | 2021年7月3日 |
| 挪威 | 9 | 2021年7月1日 |
| 澳大利亞 | 8 | 2021年4月25日 |
| 新加坡 | 8 | 2021年6月11日 |
| 斯洛維尼亞 | 7 | 2021年6月4日 |
| 新西蘭 | 7 | 2021年5月31日 |
| 克罗地亚 | 6 | 2021年6月29日 |
| 立陶宛 | 6 | 2021年6月30日 |
| 约旦 | 5 | 2021年4月28日 |
| 臺灣 | 4 | 2021年1月28日 |
| 印度 | 3 | 2021年5月12日 |
| 波黑 | 3 | 2021年7月5日 |
| 中國 | 2 | 2021年4月17日 |
| 巴基斯坦 | 1 | 2021年5月17日 |
| 安哥拉 | 1 | 2021年3月22日 |
| 拉脫維亞 | 1 | 2021年4月1日 |
| 泰國 | 1 | 2021年4月5日 |
| 俄羅斯 | 1 | 2021年5月21日 |
| 希臘 | 1 | 2021年5月14日 |
| 博奈尔 | 1 | 2021年7月7日 |
| 世界（71國/地區） | 總數：63,769 | 截至2021年8月9日 |
變異 编辑
Gamma變異株包括兩個子變異株：「28-AM-1」和「28-AM-2」，它們都帶有「K417T」、「E484K」和「N501Y」突變。
Gamma變異株有10種刺突蛋白突變，包含了N501Y和E484K。
| 基因編號 | 氨基酸 |
|---|---|
| ORF1ab | synT733C |
| synC2749T | |
| S1188L | |
| K1795Q | |
| del11288-11296 (3675-3677 SGF) | |
| synC12778T | |
| synC13860T | |
| E5665D | |
| 刺突蛋白 | L18F |
| T20N | |
| P26S | |
| D138Y | |
| R190S | |
| K417T | |
| E484K | |
| N501Y | |
| H 655Y | |
| T1027I | |
| ORF8 | E92K |
| ins28269-28273 | |
| N | P80R |
| 來源：Faria et al. (2021)，圖 1.B | |
參見 编辑
註釋 编辑
参考文献 编辑
- ^ 1.0 1.1 Public Health England. Variants: distribution of cases data. GOV.UK. 27 February 2021 [2021-02-27]. （原始内容于2021-06-07） （英语）.
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- ^ COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'. news.sky.com. 15 January 2021 [15 January 2021]. （原始内容于2021-11-14）.
- ^ 4.0 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological. 2021-01-12 [2021-01-23]. （原始内容于2021-05-20） （英语）.
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- ^ 8.0 8.1 Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil. Japan Today (日本). 2021-01-11 [2021-01-14]. （原始内容于2021-01-11）.
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外部連結 编辑
- PANGO lineages （页面存档备份，存于互联网档案馆）（英文）