病毒分类表
本頁面列出了病毒的分類,包含病毒以及類病毒、普利昂蛋白、卫星病毒等亞病毒因子。
由於病毒並不像其他生物能藉由交配產生後代,因此在種別的定義上與一般生物有所不同。
概论
ICTV 分类法
國際病毒分類委員會(英文:International Committee on Taxonomy of Viruses,簡稱 ICTV)是国际微生物学联合会(英文:International Union of microgical Societies)发展、改进和维护通用病毒分类的唯一机构,在1966年建立起了一个病毒分类的通用系统和统一的命名法则。第七届 ICTV 会议首次规范化了病毒物种的概念,即病毒分类的分支层次中的最低分類單元[1]。分類的主要依據是病毒顆粒的特性、抗原特性與生物特性。
到目前为止只有一小部分的病毒得到了研究,从来自人体的病毒样品中发现有20%的序列是未曾发现过的,而来自环境中(如海水、大洋沉积物等)的病毒样品则大部分的序列都是全新的[2]。
病毒分类从域开始,结构如下,分类后缀在括号中:[3]
- 域 Realm(-viria)
物种名称通常以[疾病]病毒的形式出现,尤其是高等动植物。 ICTV 2020版分类表中总共有6个域、10个界、17个门、2个亚门、39个纲、59个目、8个亚目、189个科、136个亚科、2224个属、70个亚属与9110个种。除亚域、亚界和亚纲外,其他级别的分类单元都被使用。共有6个域、1个地位未定纲、19个地位未定科及2个地位未定属被承认[4]。
巴尔的摩分类法
诺贝尔奖获得者生物学家戴维·巴尔的摩在1970年代提出了巴尔的摩分类系统[5]。巴尔的摩分类法与ICTV分类法一起用于现代病毒的分类[6][7][8]。
巴尔的摩分类法是基于病毒 mRNA 的生成机制。在从病毒基因组到蛋白质的过程中,必须要生成mRNA来完成蛋白质合成和基因组的复制,但每一个病毒家族都采用不同的机制来完成这一过程。病毒基因组可以是单链或双链的 RNA 或 DNA,可以有也可以没有反转录酶。而且,单链RNA病毒可以是正义(+)或反义(-)。这一分类法将病毒分为7类:
- 第一类是双链 DNA 病毒(如腺病毒、疱疹病毒、痘病毒)
- 第二类是单链 DNA 病毒(+)DNA(如小 DNA 病毒)
- 第三类是双链RNA病毒(如呼腸孤病毒)
- 第四类是(+)单链RNA病毒(如微小核糖核酸病毒、披盖病毒)
- 第五类是(-)单链RNA病毒(如正黏液病毒、炮彈病毒)
- 第六类是单链RNA反转录病毒(如反转录病毒)
- 第七类是双链 DNA 反转录病毒(如肝病毒)
举一个病毒分类的例子:水痘病毒,即带状疱疹病毒,属于疱疹病毒目,疱疹病毒科,甲型疱疹病毒亚科,水疱病毒属;同时,带状疱疹病毒是巴尔的摩分类法中的第一类,因为它是双链 DNA 病毒,且不含有反转录酶。
ICTV 2020版病毒分类表
此套分類系统与细胞生物分类系统有许多共同特征,如分類單元结构,但也存在一些差异,比如所有分类名称都使用斜体,这与国际藻类、真菌和植物命名法及国际动物命名法不同。
- 齐利希病毒界 Zilligvirae 1门
- 香港病毒界 Heunggongvirae 2门
- 衣壳病毒门 Peploviricota 1纲
- 尾噬菌体门 Uroviricota 1纲
- 有尾噬菌体纲 Caudoviricetes 1目
- 有尾噬菌体目 Caudovirales 14科、1属
- 埃凯曼病毒科 Ackermannviridae 2亚科、7属
- 自复制短尾噬菌体科 Autographiviridae 9亚科、70属
- 蔡斯噬菌体科 Chaseviridae 2亚科
- 德默莱兹噬菌体科 Demerecviridae 3亚科、4属
- 德雷克斯勒噬菌体科 Drexlerviridae 4亚科、9属
- 格兰噬菌体科 Guelinviridae 1亚科、2属
- 代列尔噬菌体科 Herelleviridae 5亚科、7属、1种
- 肌尾噬菌体科 Myoviridae 5亚科、153属
- 短尾噬菌体科 Podoviridae 3亚科、44属、1种
- 朗特里噬菌体科 Rountreeviridae 2亚科、2属
- 萨拉玛噬菌体科 Salasmaviridae 3亚科、4属
- 斯基托噬菌体科 Schitoviridae 8亚科、14属
- 长尾噬菌体科 Siphoviridae 22亚科、299属
- 佐贝尔噬菌体科 Zobellviridae 1亚科、6属
- 百合病毒属 Lilyvirus 1种
- 有尾噬菌体目 Caudovirales 14科、1属
- 有尾噬菌体纲 Caudoviricetes 1目
包含4界
- 洛布病毒界 Loebvirae 1门
- 霍夫奈病毒门 Hofneiviricota 1纲
- 纤维噬菌体纲 Faserviricetes 1目
- 微管噬菌体目 Tubulavirales 3科
- 丝状噬菌体科 Inoviridae 21属
- 保利诺噬菌体科 Paulinoviridae 2属
- 短杆状噬菌体科 Plectroviridae 3属
- 微管噬菌体目 Tubulavirales 3科
- 纤维噬菌体纲 Faserviricetes 1目
- 霍夫奈病毒门 Hofneiviricota 1纲
- 桑格病毒界 Sangervirae 1门
- 菲克斯病毒门 Phixviricota 1纲
- 小噬菌体纲 Malgrandaviricetes 1目
- 微噬菌体目 Petitvirales 1科
- 微小噬菌体科 Microviridae 2亚科
- 微噬菌体目 Petitvirales 1科
- 小噬菌体纲 Malgrandaviricetes 1目
- 菲克斯病毒门 Phixviricota 1纲
- 称徳病毒界 Shotokuvirae 2门
- 科萨特病毒门 Cossaviricota 3纲
- 单环编码病毒门 Cressdnaviricota 2纲:编码复制相关蛋白的环状单链 DNA 病毒(Circular replication-associated protein-encoding single-stranded DNA viruses,CRESS DNA viruses)
- 精氨酸指针病毒纲 Arfiviricetes 5目
- Rep 单链编码病毒纲 Repensiviricetes 1目
- 基因植物真菌病毒目 Geplafuvirales 2科
- 双生病毒科 Geminiviridae 14属
- 类双生病毒科 Genomoviridae 10属
- 基因植物真菌病毒目 Geplafuvirales 2科
- 特拉帕尼病毒界 Trapavirae 1门
- 嗜盐病毒门 Saleviricota 1纲
- 凌乱病毒纲 Huolimaviricetes 1目
- 盐藻病毒目 Haloruvirales 1科
- 嗜盐菌多形病毒科 Pleolipoviridae 3属
- 盐藻病毒目 Haloruvirales 1科
- 凌乱病毒纲 Huolimaviricetes 1目
- 嗜盐病毒门 Saleviricota 1纲
核糖病毒域 Riboviria
包含2界、2科、4属
- 正 RNA 病毒界 Orthornavirae 5门、2科、1属
- 双链 RNA 病毒门 Duplornaviricota 3纲
- 黄色病毒门 Kitrinoviricota 4纲
- 阿尔法病毒超群纲 Alsuviricetes 3目
- 戊肝病毒目 Hepelivirales 4科
- 阿尔法四体病毒科 Alphatetraviridae 2属
- 甜菜坏死黄脉病毒科 Benyviridae 1属
- 戊型肝炎病毒科 Hepeviridae 2属
- 风疹病毒科 Matonaviridae 1属
- 马特利病毒目 Martellivirales 7科
- 雀麦花叶病毒科 Bromoviridae 6属
- 长线形病毒科 Closteroviridae 4属、7种
- 内源病毒科 Endornaviridae 2属
- 北岛病毒科 Kitaviridae 3属
- 梅奥病毒科 Mayoviridae 2属
- 披膜病毒科 Togaviridae 1属
- 植物杆状病毒科 Virgaviridae 7属
- 芜菁黄花叶病毒目 Tymovirales 5科
- 阿尔法线形病毒科 Alphaflexiviridae 6属
- 贝塔线形病毒科 Betaflexiviridae 2亚科
- 德尔塔线形病毒科 Deltaflexiviridae 1属
- 伽马线形病毒科 Gammaflexiviridae 1属
- 芜菁黄花叶病毒科 Tymoviridae 3属、2种
- 戊肝病毒目 Hepelivirales 4科
- 黄病毒超群纲 Flasuviricetes 1目
- 黄热病毒目 Amarillovirales 1科
- 黄病毒科 Flaviviridae 4属
- 黄热病毒目 Amarillovirales 1科
- MAG 病毒纲 Magsaviricetes 1目
- 野田村病毒目 Nodamuvirales 2科
- 野田村病毒科 Nodaviridae 2属
- 西奈-卤病毒科 Sinhaliviridae 1属
- 野田村病毒目 Nodamuvirales 2科
- 塔卢卡病毒纲 Tolucaviricetes 1目
- 番茄丛矮病毒目 Tolivirales 2科
- 香石竹斑驳病毒样四体病毒科 Carmotetraviridae 1属
- 番茄丛矮病毒科 Tombusviridae 3亚科、1属
- 番茄丛矮病毒目 Tolivirales 2科
- 阿尔法病毒超群纲 Alsuviricetes 3目
- 光滑裸露病毒门 Lenarviricota 4纲
- 二十病毒纲 Amabiliviricetes 1目
- 元素病毒目 Wolframvirales 1科
- 裸露 RNA 病毒科 Narnaviridae 1属
- 元素病毒目 Wolframvirales 1科
- 豪厄尔镇病毒纲 Howeltoviricetes 1目
- 板栗疫病真菌病毒菌目 Cryppavirales 1科
- 线粒体病毒科 Mitoviridae 1属
- 板栗疫病真菌病毒菌目 Cryppavirales 1科
- 光滑病毒纲 Leviviricetes 2目、9属
- 诺顿辛德病毒目 Norzivirales 4科
- 阿特金斯病毒科 Atkinsviridae 56属
- 杜因病毒科 Duinviridae 6属
- 菲尔斯病毒科 Fiersviridae 185属
- 索尔斯皮格曼病毒科 Solspiviridae 24属
- 蒂莫西病毒目 Timlovirales 2科
- 布鲁门塔尔病毒科 Blumeviridae 31属
- 施泰茨病毒科 Steitzviridae 117属
- 病毒属 Chimpavirus 1种
- 病毒属 Hohglivirus 1种
- 病毒属 Mahrahovirus 1种
- 病毒属 Meihzavirus 1种
- 病毒属 Nicedsevirus 1种
- 病毒属 Sculuvirus 1种
- 病毒属 Skrubnovirus 1种
- 病毒属 Tetipavirus 1种
- 病毒属 Winunavirus 1种
- 诺顿辛德病毒目 Norzivirales 4科
- 密病毒纲 Miaviricetes 1目
- 欧尔里病毒目 Ourlivirales 1科
- 博图欧尔密病毒科 Botourmiaviridae 4属
- 欧尔里病毒目 Ourlivirales 1科
- 二十病毒纲 Amabiliviricetes 1目
- 負核糖病毒門 Negarnaviricota 2亚门
- 简单病毒亚门 Haploviricotina 4纲
- 春秋病毒纲 Chunqiuviricetes 1目
- 穆病毒目 Muvirales 1科
- 秦病毒科 Qinviridae 1属
- 穆病毒目 Muvirales 1科
- 米尔恩病毒纲 Milneviricetes 1目
- 蛇状病毒目 Serpentovirales 1科
- 蛇形病毒科 Aspiviridae 1属
- 蛇状病毒目 Serpentovirales 1科
- 单荆病毒纲 Monjiviricetes 2目
- 荆楚病毒目 Jingchuvirales 5科
- 病毒科 Aliusviridae 2属
- 楚病毒科 Chuviridae 14属
- 病毒科 Crepuscuviridae 1属
- 病毒科 Myriaviridae 1属
- 病毒科 Natareviridae 1属
- 单股反链病毒目 Mononegavirales 11科
- 荆楚病毒目 Jingchuvirales 5科
- 允常病毒纲 Yunchangviricete 1目
- 勾践病毒目 Goujianvirales 1科
- 越病毒科 Yueviridae 1属
- 勾践病毒目 Goujianvirales 1科
- 春秋病毒纲 Chunqiuviricetes 1目
- 复杂病毒亚门 Polyploviricotina 2纲
- 艾略特病毒纲 Ellioviricetes 1目
- 布尼亚病毒目 Bunyavirales 12科
- 沙状病毒科 Arenaviridae 4属
- 甲壳类林肯病毒科 Cruliviridae 1属
- 费莫病毒科 Fimoviridae(无花果花叶病毒科)1属
- 汉坦病毒科 Hantaviridae 4亚科
- 利什曼原虫布尼亚病毒科 Leishbuviridae 1属
- 多足类湖北病毒科 Mypoviridae 1属
- 内罗病毒科 Nairoviridae 7属
- 泛布尼亚病毒科 Peribunyaviridae 4属
- 幻影病毒科 Phasmaviridae 6属
- 白纤病毒科 Phenuiviridae 20属
- 番茄斑萎病毒科 Tospoviridae 1属
- 武汉蜈蚣病毒科 Wupedeviridae 1属
- 布尼亚病毒目 Bunyavirales 12科
- 流感病毒纲 Insthoviricetes 1目
- 分割病毒目 Articulavirales 2科
- 罗非鱼病毒科 Amnoonviridae 1属
- 正粘病毒科 Orthomyxoviridae 7属
- 分割病毒目 Articulavirales 2科
- 艾略特病毒纲 Ellioviricetes 1目
- 简单病毒亚门 Haploviricotina 4纲
- 小 RNA 病毒超群门 Pisuviricota 3纲
- 双链-小双节 RNA 病毒纲 Duplopiviricetes 1目
- 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes 3目
- 網巢病毒目 Nidovirales(嵌套病毒目)8亚目
- 深海病毒亚目 Abnidovirineae 1科
- 深海病毒科 Abyssoviridae 1亚科
- 亚目 Arnidovirineae 4科
- 動脈炎病毒科 Arteriviridae 6亚科
- 科 Cremegaviridae 1亚科
- 科 Gresnaviridae 1亚科
- 科 Olifoviridae 1亚科
- 冠狀病毒亚目 Cornidovirineae 1科
- 冠狀病毒科 Coronaviridae 2亚科
- 海洋病毒亚目 Mesnidovirineae 2科
- 科 Medioniviridae 2亚科
- 中等嵌套病毒科 Mesoniviridae 1亚科
- 亚目 Monidovirineae 1科
- 科 Mononiviridae 1亚科
- 亚目 Nanidovirineae 2科
- 科 Nanghoshaviridae 1亚科
- 科 Nanhypoviridae 1亚科
- 桿狀網巢病毒亚目 Ronidovirineae 2科
- 真桿狀網巢病毒科 Euroniviridae 2亚科
- 桿狀網巢病毒科 Roniviridae 1亚科
- 亚目 Tornidovirineae 1科
- 科 Tobaniviridae 4亚科
- 深海病毒亚目 Abnidovirineae 1科
- 微小核糖核酸病毒目 Picornavirales 8科
- 南方菜豆花叶病毒目 Sobelivirales 3科
- 囊孢虫RNA病毒科 Alvernaviridae 1属
- 杯状 RNA 病毒科 Barnaviridae 1属
- 南方菜豆花叶一品红病毒科 Solemoviridae 4属、7种
- 網巢病毒目 Nidovirales(嵌套病毒目)8亚目
- 星状-马铃薯病毒纲 Stelpaviricetes 2目
- 双 RNA 病毒科 Birnaviridae 7属
- 复制酶置换四体病毒科 Permutotetraviridae 1属
- 葡萄孢菌病毒属 Botybirnavirus 1种
- 副RNA病毒界 Pararnavirae 1门
- 多真菌病毒科 Polymycoviridae 1属
- 小节肢动物病毒科 Sarthroviridae 1属
- 烟草坏死卫星病毒属 Albetovirus 3种
- 绿萝卫星病毒属 Aumaivirus 1种
- 黍花叶卫星病毒属 Papanivirus 1种
- 烟草花叶卫星病毒属 Virtovirus 1种
核酶病毒域 Ribozyviria
- 三角病毒科 Kolmioviridae 8属
包含2界
- 班福病毒界 Bamfordvirae 2门
- 核质病毒门 Nucleocytoviricota 2纲
- 巨病毒纲 Megaviricetes 3目
- 藻类病毒目 Algavirales 1科
- 藻類去氧核糖核酸病毒科 Phycodnaviridae 6属
- 模拟病毒目 Imitervirales 1科
- 拟菌病毒科 Mimiviridae 2属
- PIMAS病毒目 Pimascovirales 3科
- 藻类病毒目 Algavirales 1科
- 痘疹病毒纲 Pokkesviricetes 2目
- 巨病毒纲 Megaviricetes 3目
- 质粒前体病毒门 Preplasmiviricota 2纲
- 独特病毒纲 Maveriviricetes 1目
- 依赖病毒目 Priklausovirales 1科
- 大病毒依赖科 Lavidaviridae 2属
- 依赖病毒目 Priklausovirales 1科
- 聚整合转座子病毒纲 Polintoviricetes 1目
- 正聚整合转座子病毒目 Orthopolintovirales 1科
- 腺整合转座子病毒科 Adintoviridae 2属
- 正聚整合转座子病毒目 Orthopolintovirales 1科
- 保护病毒纲 Tectiliviricetes 4目、1科
- 独特病毒纲 Maveriviricetes 1目
- 核质病毒门 Nucleocytoviricota 2纲
- 海尔维蒂病毒界 Helvetiavirae(瑞士病毒)1门
- 分隔病毒门 Dividoviricota 1纲
- 莱塞病毒纲 Laserviricetes 1目
- 西班牙盐盒菌病毒目 Halopanivirales 3科
- 病毒科 Matshushitaviridae 1属
- 病毒科 Simuloviridae 1属
- 球脂状病毒科 Sphaerolipoviridae 1属
- 西班牙盐盒菌病毒目 Halopanivirales 3科
- 莱塞病毒纲 Laserviricetes 1目
- 分隔病毒门 Dividoviricota 1纲
地位未定种类
地位未定纲:
- 纳尔达病毒纲 Naldaviricetes 1目、1科
地位未定科:
- 阿尔法卫星病毒科 Alphasatellitidae 3亚科
- 瓶状病毒科 Ampullaviridae 1属
- 指环病毒科 Anelloviridae 31属
- 鳄梨日斑类病毒科 Avsunviroidae 3属
- 双尾病毒科 Bicaudaviridae 1属
- 棒状病毒科 Clavaviridae 1属
- 芬兰湖病毒科 Finnlakeviridae 1属
- 微小纺锤形噬菌体科 Fuselloviridae 2属
- 球状病毒科 Globuloviridae 1属
- 滴狀病毒科 Guttaviridae 2属
- 嗜盐纺锤形噬菌体科 Halspiviridae 1属
- 卵形病毒科 Ovaliviridae 1属
- 芽生噬菌体科 Plasmaviridae 1属
- 多去氧核糖核酸病毒科 Polydnaviridae 2属
- 带球病毒科 Portogloboviridae 1属
- 马铃薯纺锤形块茎类病毒科 Pospiviroidae 5属
- 嗜热圈形病毒科 Spiraviridae 1属
- 奇古菌纺锤形噬菌体科 Thaspiviridae 1属
- 番茄曲叶卫星病毒科 Tolecusatellitidae 2属
地位未定属:
- 沟鞭藻 DNA 病毒属 Dinodnavirus 1种
- 壶菌病毒属 Rhizidiovirus 1种
亞病毒因子(Subviral Agents)
衛星(Satellites)
- 卫星病毒 Satellite virus
- 单链核糖核酸卫星病毒 Single-stranded RNA satellite virus
- 双链 DNA 卫星病毒 Double-stranded DNA satellite virus
- 未定属
- Satellite nucleic acid
- Single-stranded satellite DNA
- Double-stranded satellite RNA
- Single-stranded satellite RNA
- RNA satellite
- 未定属
類病毒(Viroids)
- Pospiviroidae
- Pospiviroid
- Hostuviroid
- Cocadviroid
- Apscaviroid
- Coleviroid
- 未定属
- Avsunviroidae
- Avsunviroid
- Pelamoviroid
- Elaviroid
- 未定科
朊毒體(Prions)
- Mammal-prion
- Fungi-prion
干扰缺损病毒(Defective Interfering)
- 缺损干扰 RNA Defective Interfering RNA
- Defective interfering particle
参考文献
- ^ Fields p. 27
- As defined therein, "a virus species is a polythetic class of viruses that constitute a replicating lineage and occupy a particular ecological niche". A“polythetic" class is one whose members have several properties in common, although they do not necessarily all share a single common defining one. Members of a virus species are defined collectively by a consensus group of properties. Virus species thus differ from the higher viral taxa, which are“universal”classes and as such are defined by properties that are necessary for membership.
- ^ Delwart, E.L. Viral metagenomics. Rev. Med. Virol.. 2007, 17 (2): 115–131. PMID 17295196. doi:10.1002/rmv.532.
- ^ ICTV Code. talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. [2020-04-26]. (原始内容于2018-07-12).
- ^ Virus Taxonomy: 2020 Release. talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. [2020-04-26]. (原始内容于2020-03-20).
- ^ Baltimore, D. The strategy of RNA viruses. Harvey Lect.. 1974,. 70 Series: 57–74. PMID 4377923.
- ^ van Regenmortel, M.H.; Mahy, B.W. Emerging issues in virus taxonomy. Emerging Infect. Dis.. 2004, 10 (1): 8–13. PMID 15078590.
- ^ Mayo, M.A. Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses. Arch. Virol.. 1999, 144 (8): 1659–1666. PMID 10486120. doi:10.1007/s007050050620.
- ^ de Villiers, E.M.; Fauquet, C.; Broker, T.R.; Bernard, H.U. & zur Hausen, H. Classification of papillomaviruses. Virology. 2004, 324 (1): 17–27. PMID 15183049. doi:10.1016/j.virol.2004.03.033.