头索动物亚门（學名：Cephalochordata）是脊索动物门的一个亚门。头索动物的脊索延伸到背神经管的前方，故名。其咽鳃裂众多。頭索動物一般稱為文昌魚[1]，故又名狭心纲及文昌魚綱。因无真正的头部，又称为无头类（Acrania）。如白氏文昌鱼（Branchiostoma belcheri）。
头索动物亚门
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| 科学分类 |
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| 界： | 动物界 Animalia |
| 门： | 脊索动物门 Chordata |
| 亚门： | 头索动物亚门 Cephalochordata
Owen，1846 |
| 科 |
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- ?†皮卡虫科 Pikaiidae
- 头索纲 Leptocardii
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头索动物亞门有1个纲：头索纲（Leptocardii）。遍布于各地浅海海域。现存大约30种。
仅有两科：
- 文昌鱼科：白氏文昌鱼（Branchiostoma belcheri）。
- 偏文昌鱼科：短刀扁文昌鱼（Asymmetron cultellum）。
其中偏文昌鱼的显著特点是只在身体的右侧有生殖腺。
参考文献 - ^ 似魚非魚 – 從文昌魚看脊椎動物的發育機制演化 (PDF). [2015-12-06]. （原始内容 (PDF)于2015-12-08）.
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