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埃德曼降解法

Edman降解埃德曼降解,英語:Edman degradation),也根据所使用试剂而被称为“PTC法”或“PTH法”,是肽链蛋白质中N-端氨基酸序列分析方法之一。由菲尔·埃德曼(Pehr Edman)首先创立。[1]

机理

 

异硫氰酸苯酯(Phenylisothiocyanate, 缩写:PITC)与待分析多肽的N-端氨基在碱性条件下反应,生成苯硫脲(PTC)的衍生物,於酸性條件之下生成五元环,肽链N-端被选择性地切断,得到N-端氨基酸残基的噻唑啉酮苯胺衍生物。接着用有机溶剂将该衍生物萃取出来,酸作用下,该衍生物不稳定,会继续反应,形成一个稳定的苯基乙内酰硫脲(PTH)衍生物。余下肽链中的酰胺键不受影响。通过用HPLC电泳法分析生成的苯乙内酰硫脲(PTH-氨基酸),可以鉴定出是哪一个氨基酸。每反应一次,结果是得到一个去掉N-端氨基酸残基的多肽,剩下的肽链可以进入下一个循环,继续发生降解。

在1967年就出现了实现根据此原理设计的自动化仪器。[2]利用自动分析仪进行分析时,能够可靠地测定肽链的30个左右氨基酸残基序列,最多可以分析50-60个氨基酸残基。在最好的条件下,每形成一次PTH-氨基酸,效率可保持在99%以上。而且此法用量少,一般只用10-100摩尔的多肽即可测定氨基酸序列。对于肽链较长的多肽,可以先将肽链切断成多个小肽,对这些小肽进行氨基酸分析,然后将这些信息拼接起来,得到起始肽链中的氨基酸序列。

限制

由于Edman降解是以化学试剂对N-端氨基的修饰为基础的,因此当N-端被其他化学基团所封闭时,就需要先去除这些基团,然后才能进行测序。此外,蛋白质中含有半胱氨酸残基时,有时两个半胱氨酸残基会发生二硫键交联。这种情况下,需要先用过酸将二硫键氧化为–SO3H,然后才能用Edman降解测定序列。

另外,由於所有反應都在封閉或體外的環境之下,勢必會達到平衡,因此若在第一個試管裡加入PITC,它會和試管內的第一個氨基酸的N-端氨基結合,可是由於平衡原理:PITC + 一段氨基酸序列 = PITC-氨基酸 + 少了第一個氨基酸的氨基酸序列,因此在第一個試管裡會同時存在沒有結合PITC和有結合PITC的氨基酸序列,這會導致我們將第一管有PITC-氨基酸的物質分離後,繼續在第二個試管裡加入PITC,則此時第二個試管裡會含有少量的PITC-氨基酸(1)和多量的PITC-氨基酸(2)。這時候我們可以利用联用质谱法(Tandem mass spectrometry (页面存档备份,存于互联网档案馆))等技術來分析,若分析後發現量多者為PITC-氨基酸(2),量少者則為PITC-氨基酸(1),因此我們就解決了反應不完全的問題。而另外一個問題也隨之衍生,一旦我們不停地重複此步驟,得到氨基酸的序列時,一直到約第50個試管開始,就會發現所以氨基酸的量經分析後都會變得幾乎一樣,這樣我們就沒有辦法可以知道氨基酸的序列。這也就是為什麼我們需要先將一段大於50個氨基酸的序列用水解酶給進行切割,讓所有片段的氨基酸序列小於50,這樣我們才可以得到比較準確的氨基酸序列。

参见

参考资料

  1. ^ Edman, Pehr; Högfeldt, Erik; Sillén, Lars Gunnar; Kinell, Per-Olof. Method for Determination of the Amino Acid Sequence in Peptides.. Acta Chemica Scandinavica. 1950, 4: 283–293. ISSN 0904-213X. doi:10.3891/acta.chem.scand.04-0283. 
  2. ^ Edman, P.; Begg, G. A Protein Sequenator. European Journal of Biochemistry. 1967, 1 (1): 80–91. ISSN 0014-2956. doi:10.1111/j.1432-1033.1967.tb00047.x. 

埃德曼降解法, edman降解, 埃德曼降解, 英語, edman, degradation, 也根据所使用试剂而被称为, ptc法, pth法, 是肽链或蛋白质中n, 端氨基酸序列分析方法之一, 由菲尔, 埃德曼, pehr, edman, 首先创立, 目录, 机理, 限制, 参见, 参考资料机理, 编辑, 用异硫氰酸苯酯, phenylisothiocyanate, 缩写, pitc, 与待分析多肽的n, 端氨基在碱性条件下反应, 生成苯硫脲, 的衍生物, 於酸性條件之下生成五元环, 肽链n, 端被选择性地切断. Edman降解 埃德曼降解 英語 Edman degradation 也根据所使用试剂而被称为 PTC法 或 PTH法 是肽链或蛋白质中N 端氨基酸序列分析方法之一 由菲尔 埃德曼 Pehr Edman 首先创立 1 目录 1 机理 2 限制 3 参见 4 参考资料机理 编辑 用异硫氰酸苯酯 Phenylisothiocyanate 缩写 PITC 与待分析多肽的N 端氨基在碱性条件下反应 生成苯硫脲 PTC 的衍生物 於酸性條件之下生成五元环 肽链N 端被选择性地切断 得到N 端氨基酸残基的噻唑啉酮苯胺衍生物 接着用有机溶剂将该衍生物萃取出来 酸作用下 该衍生物不稳定 会继续反应 形成一个稳定的苯基乙内酰硫脲 PTH 衍生物 余下肽链中的酰胺键不受影响 通过用HPLC或电泳法分析生成的苯乙内酰硫脲 PTH 氨基酸 可以鉴定出是哪一个氨基酸 每反应一次 结果是得到一个去掉N 端氨基酸残基的多肽 剩下的肽链可以进入下一个循环 继续发生降解 在1967年就出现了实现根据此原理设计的自动化仪器 2 利用自动分析仪进行分析时 能够可靠地测定肽链的30个左右氨基酸残基序列 最多可以分析50 60个氨基酸残基 在最好的条件下 每形成一次PTH 氨基酸 效率可保持在99 以上 而且此法用量少 一般只用10 100皮摩尔的多肽即可测定氨基酸序列 对于肽链较长的多肽 可以先将肽链切断成多个小肽 对这些小肽进行氨基酸分析 然后将这些信息拼接起来 得到起始肽链中的氨基酸序列 限制 编辑由于Edman降解是以化学试剂对N 端氨基的修饰为基础的 因此当N 端被其他化学基团所封闭时 就需要先去除这些基团 然后才能进行测序 此外 蛋白质中含有半胱氨酸残基时 有时两个半胱氨酸残基会发生二硫键交联 这种情况下 需要先用过酸将二硫键氧化为 SO3H 然后才能用Edman降解测定序列 另外 由於所有反應都在封閉或體外的環境之下 勢必會達到平衡 因此若在第一個試管裡加入PITC 它會和試管內的第一個氨基酸的N 端氨基結合 可是由於平衡原理 PITC 一段氨基酸序列 PITC 氨基酸 少了第一個氨基酸的氨基酸序列 因此在第一個試管裡會同時存在沒有結合PITC和有結合PITC的氨基酸序列 這會導致我們將第一管有PITC 氨基酸的物質分離後 繼續在第二個試管裡加入PITC 則此時第二個試管裡會含有少量的PITC 氨基酸 1 和多量的PITC 氨基酸 2 這時候我們可以利用联用质谱法 Tandem mass spectrometry 页面存档备份 存于互联网档案馆 等技術來分析 若分析後發現量多者為PITC 氨基酸 2 量少者則為PITC 氨基酸 1 因此我們就解決了反應不完全的問題 而另外一個問題也隨之衍生 一旦我們不停地重複此步驟 得到氨基酸的序列時 一直到約第50個試管開始 就會發現所以氨基酸的量經分析後都會變得幾乎一樣 這樣我們就沒有辦法可以知道氨基酸的序列 這也就是為什麼我們需要先將一段大於50個氨基酸的序列用水解酶給進行切割 讓所有片段的氨基酸序列小於50 這樣我們才可以得到比較準確的氨基酸序列 参见 编辑丹磺酰氯 2 4 二硝基氟苯 Bergmann降解反应 化学反应列表参考资料 编辑 Edman Pehr Hogfeldt Erik Sillen Lars Gunnar Kinell Per Olof Method for Determination of the Amino Acid Sequence in Peptides Acta Chemica Scandinavica 1950 4 283 293 ISSN 0904 213X doi 10 3891 acta chem scand 04 0283 Edman P Begg G A Protein Sequenator European Journal of Biochemistry 1967 1 1 80 91 ISSN 0014 2956 doi 10 1111 j 1432 1033 1967 tb00047 x 取自 https zh wikipedia org w index php title 埃德曼降解法 amp oldid 74508129, 维基百科,wiki,书籍,书籍,图书馆,

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