序列比對指將兩個或多個序列排列在一起，標明其相似之處。序列中可以插入間隔（通常用短橫線“-”表示）。對應的相同或相似的符號（在核酸中是A, T(或U), C, G，在蛋白質中是氨基酸殘基的單字母表示）排列在同一列上。
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这一方法常用于研究由共同祖先进化而来的序列，特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列。在比对中，错配与突变相应，而空位与插入或缺失对应。序列比对还可用于语言进化或文本间相似性之类的研究。
术语“序列比对”也指构建上述比对或在潜在的不相关序列的数据库中寻找significant alignments。
比对方法 对于很短或非常相似的序列，我们可以人工进行比对。然而，在很多问题中，我们需要对非常长的序列进行比对，这是单靠人类的努力所不能解决的。在这种情况下，我们通过构造算法来进行高效的序列比对，有时还需要对最终结果进行调整，因为有些结果难以通过算法表达出来（特别是核苷酸序列）。序列比对的计算方法一般分为两类：全局性比对（global alignments）和局部比对（local alignments）。计算一个全局性的路线，是一个全局优化的形式，其强制按照整个长度的所有查询序列对齐。与此相反，局部比对只确定局部的相似而整个长序列却往往大相径庭。局部比对往往是可取的，但可能更难以计算的，因为还有来自确定其他相似区域的挑战。各种计算算法已应用于序列比对的问题，包括缓慢，但正规的像动态规划的优化方法和高效率，但不彻底的启发式算法，或大型数据库搜索设计的概率方法。
双序列比对 双序列比对方法涉及寻找（局部）最优匹配片断或蛋白质（氨基酸）或DNA（核酸）全局比对。
全局比对
全局比对是指将参与比对的两条序列里面的所有字符进行比对。 全局比对主要被用来寻找关系密切的序列。由于这些序列也都很易通过本地比对方法找到，现在全局比对也有些被认为只是一种技巧。另外，全局比对在应用于分子进化时也有些问题（比如domain shuffling -见下），这也限制了这种方法的可用性。
局部比对
序列比对的重要性
結構比對多序列比對 多序列比对是成对比对的延伸，是为了在一次比对里面处理多于两条的的序列。多序列比对方法试图比对一个指定序列集合里面的所有序列，这可以帮助确定这些序列的共同区段。进行多序列比对有几种方法，最常用的一种是Clustal程序集，它使用渐进多序列比对算法。Clustal在cladistics中被用来建立进化树，在PSI-BLAST和Hidden Markov model- (HMM-)中用来建立序列档案以在序列数据库中搜索更远的同源序列。
多序列比对编程实现困难。被归为NP难题的一种。
算法軟件 这一方法利用一个预先计算的哈希表作为短序列的索引。给定一个被查询序列，将根据索引来查询子序列，从而减少查询次数和时间。提供一些参数将使该方法更快或更准确。检索到与检索序列匹配的模式后，需要进一步使用更加准确和深入的算法。
BLAST利用成对的本地检索和许多其他方法来提高Smith-Waterman算法的速度。
FASTA
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外部連結 - （英文）描述BLAST算法的文章 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- （英文）Blast服务器 （页面存档备份，存于互联网档案馆），位于NCBI
- （英文）JAligner在线序列比对程序 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
序列比對, 指將兩個或多個序列排列在一起, 標明其相似之處, 序列中可以插入間隔, 通常用短橫線, 表示, 對應的相同或相似的符號, 在核酸中是a, 或u, 在蛋白質中是氨基酸殘基的單字母表示, 排列在同一列上, tcctctgcctctgccatcat, caaccccaaagt, tcctgtgcatctgcaatcatgggcaaccccaaagt, 这一方法常用于研究由共同祖先进化而来的序列, 特别是如蛋白质序列或dna序列等生物序列, 在比对中, 错配与突变相应, 而空位与插入或缺失对应, 序列比对还可用. 序列比對指將兩個或多個序列排列在一起 標明其相似之處 序列中可以插入間隔 通常用短橫線 表示 對應的相同或相似的符號 在核酸中是A T 或U C G 在蛋白質中是氨基酸殘基的單字母表示 排列在同一列上 tcctctgcctctgccatcat caaccccaaagt tcctgtgcatctgcaatcatgggcaaccccaaagt 这一方法常用于研究由共同祖先进化而来的序列 特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列 在比对中 错配与突变相应 而空位与插入或缺失对应 序列比对还可用于语言进化或文本间相似性之类的研究 术语 序列比对 也指构建上述比对或在潜在的不相关序列的数据库中寻找significant alignments 目录 1 比对方法 2 双序列比对 2 1 全局比对 2 2 局部比对 2 3 序列比对的重要性 3 結構比對 4 多序列比對 5 算法 6 軟件 6 1 FASTA 7 外部連結比对方法 编辑对于很短或非常相似的序列 我们可以人工进行比对 然而 在很多问题中 我们需要对非常长的序列进行比对 这是单靠人类的努力所不能解决的 在这种情况下 我们通过构造算法来进行高效的序列比对 有时还需要对最终结果进行调整 因为有些结果难以通过算法表达出来 特别是核苷酸序列 序列比对的计算方法一般分为两类 全局性比对 global alignments 和局部比对 local alignments 计算一个全局性的路线 是一个全局优化的形式 其强制按照整个长度的所有查询序列对齐 与此相反 局部比对只确定局部的相似而整个长序列却往往大相径庭 局部比对往往是可取的 但可能更难以计算的 因为还有来自确定其他相似区域的挑战 各种计算算法已应用于序列比对的问题 包括缓慢 但正规的像动态规划的优化方法和高效率 但不彻底的启发式算法 或大型数据库搜索设计的概率方法 双序列比对 编辑双序列比对方法涉及寻找 局部 最优匹配片断或蛋白质 氨基酸 或DNA 核酸 全局比对 全局比对 编辑 全局比对是指将参与比对的两条序列里面的所有字符进行比对 全局比对主要被用来寻找关系密切的序列 由于这些序列也都很易通过本地比对方法找到 现在全局比对也有些被认为只是一种技巧 另外 全局比对在应用于分子进化时也有些问题 比如domain shuffling 见下 这也限制了这种方法的可用性 局部比对 编辑 序列比对的重要性 编辑結構比對 编辑多序列比對 编辑主条目 多重序列比對 多序列比对是成对比对的延伸 是为了在一次比对里面处理多于两条的的序列 多序列比对方法试图比对一个指定序列集合里面的所有序列 这可以帮助确定这些序列的共同区段 进行多序列比对有几种方法 最常用的一种是Clustal程序集 它使用渐进多序列比对算法 Clustal在cladistics中被用来建立进化树 在PSI BLAST和Hidden Markov model HMM 中用来建立序列档案以在序列数据库中搜索更远的同源序列 多序列比对编程实现困难 被归为NP难题的一种 算法 编辑軟件 编辑这一方法利用一个预先计算的哈希表作为短序列的索引 给定一个被查询序列 将根据索引来查询子序列 从而减少查询次数和时间 提供一些参数将使该方法更快或更准确 检索到与检索序列匹配的模式后 需要进一步使用更加准确和深入的算法 BLAST利用成对的本地检索和许多其他方法来提高Smith Waterman算法的速度 FASTA 编辑 主条目 FASTA外部連結 编辑 英文 描述BLAST算法的文章 页面存档备份 存于互联网档案馆 英文 Blast服务器 页面存档备份 存于互联网档案馆 位于NCBI 英文 JAligner在线序列比对程序 页面存档备份 存于互联网档案馆 取自 https zh wikipedia org w index php title 序列比對 amp oldid 62315708, 维基百科，wiki，书籍，书籍，图书馆，
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