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亞佛加厥 (軟體)

亞佛加厥(英語:Avogadro)是一個分子編輯軟體,是一款自由軟體,被設計用於計算化學分子建模生物化學材料科學, 以及相關領域的跨平台軟體[4][5][6][7]。並且提供添加插件,附加元件或外掛程式的功能[8]。其名稱是以義大利化學家亞佛加厥命名的。

Avogadro
首次发布2009年10月23日 (2009-10-23)
当前版本
  • 1.1.1 (2013年12月6日;穩定版本)[1][2]
  • 1.2.0 (2016年6月15日;穩定版本)[3]
源代码库
  • github.com/avogadro/avogadro
编程语言C++ (Qt)
操作系统Linux, Mac OS X, Microsoft Windows
许可协议Avogadro 1:GNU通用公共许可证
Avogadro 2:3句版BSD许可证
网站avogadro.openmolecules.net

特點 编辑

 
使用Avogadro繪製氯雷他定空間填充模型

歷史 编辑

2007年5月17日發表了Avogadro,為第一次正式公測,也是該軟體首個發佈的版本,0.1.0版,截至2009年6月,已發布到0.9.8版,當時就已經包含了很完整的功能。

2009年6月12日,Avogadro被開源發表於Qt。6月23日,Avogadro榮獲SourceForge社區選 擇獎“院士項目”的獎項。10月23日,Avogadro改版並發布1.0正式版,並使用GNU GPLv2條款[9]。目前最新版本是1.1.1。

2013年4月11日,Avogadro專案釋出Avogadro 2的首個測試版本,其成為Open Chemistry軟體套裝的一部份[10] ,與其他兩個軟體可以一起使用,也能分開執行,使用Qt4重新編寫代碼,並加入了一系列的新功能,且改為使用3句版的BSD许可证授權。

功能 编辑

基本功能為分子編輯,創建及構造,並可選擇週期表上任意元素,透過更改元素資料庫,甚至能添加一些新的元素,如:電子偶素渺子偶素。另外,程式附有自動加上功能,能依據酸鹼值添加氫原子,並附有分子結構最適化功能,能依據價電子排斥理論分子軌域理論進行計算分子結構。

令外有額外的分子力學生物化學光譜學等功能,但是要先自行準備數據庫方可使用。

程式有內附測量功能,可測得鍵角與鍵長等分子物理量,並且能找出其分子的所有異構物。

缺點 编辑

由於資料庫資料有限,因此作出的分子結構會與實際值有所誤差,因此,使用軟體作出的一些數據僅供參考,應以實際實驗為主,軟體僅作為輔助功用。

例子 编辑

 
正丙硫醇球棒模型

例如要製作一個丙硫醇,只需現任意將三個連接起來,在使用內附的加上氫功能,然後在任意碳上接一個,最後再使用分子結構最適化,程序會依據分子力學、元素資料、電負度孤對電子數等資訊用不同的模型計算出最接近真實的分子結構

三個碳 三個碳加上氫 分子結構最適化
     

相关条目 编辑

參考文獻 编辑

  1. ^ http://sourceforge.net/projects/avogadro/files/avogadro/1.1.1/.
  2. ^ Release 1.1.1. 2016年5月26日 [2018年3月11日]. 
  3. ^ Avogadro 1.2.0. 
  4. ^ Hanwell, Marcus D; Curtis, Donald E; Lonie, David C; Vandermeersch, Tim; Zurek, Eva; Hutchison, Geoffrey R. Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. J. Cheminform. 2012, 4 (1): 17. PMC 3542060 . PMID 22889332. doi:10.1186/1758-2946-4-17. 
  5. ^ Ral Mera-Adasme; Fernando Mendizbal; Claudio Olea-Azar; Sebastin Miranda-Rojas; Patricio Fuentealba. A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure. J. Phys. Chem. A. 2011, 115 (17): 4397–4405. PMID 21469689. doi:10.1021/jp107498h. 
  6. ^ Michael Salciccioli; Weiting Yu; Mark A. Barteau; Jingguang G. Chen; Dionisios G.Vlachos. Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt UsingTheory and Isotopic Labeling Experiments. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (20): 7996–8004. PMID 21526776. doi:10.1021/ja201801t. 
  7. ^ Open Babeldocumentation Author: Geoffrey R Hutchison; Noel M O'Boyle; Blue Obelisk (Organization)
  8. ^ home page[永久失效連結]
  9. ^ 開發者網頁 (页面存档备份,存于互联网档案馆) sourceforge.net [2013-11-21]
  10. ^ Marcus Hanwell. First Open Chemistry Beta Release. [2013-12-16]. (原始内容于2015-08-13). 

外部連結 编辑

亞佛加厥, 軟體, 关于與, 亞佛加厥, 同名的其他主題, 請見, 亞佛加厥, 消歧義, 亞佛加厥, 英語, avogadro, 是一個分子編輯軟體, 是一款自由軟體, 被設計用於計算化學, 分子建模, 生物化學, 材料科學, 以及相關領域的跨平台軟體, 並且提供添加插件, 附加元件或外掛程式的功能, 其名稱是以義大利化學家亞佛加厥命名的, avogadro首次发布2009年10月23日, 2009, 当前版本1, 2013年12月6日, 穩定版本, 2016年6月15日, 穩定版本, 源代码库github, av. 关于與 亞佛加厥 同名的其他主題 請見 亞佛加厥 消歧義 亞佛加厥 英語 Avogadro 是一個分子編輯軟體 是一款自由軟體 被設計用於計算化學 分子建模 生物化學 材料科學 以及相關領域的跨平台軟體 4 5 6 7 並且提供添加插件 附加元件或外掛程式的功能 8 其名稱是以義大利化學家亞佛加厥命名的 Avogadro首次发布2009年10月23日 2009 10 23 当前版本1 1 1 2013年12月6日 穩定版本 1 2 1 2 0 2016年6月15日 穩定版本 3 源代码库github wbr com wbr avogadro wbr avogadro编程语言C Qt 操作系统Linux Mac OS X Microsoft Windows许可协议Avogadro 1 GNU通用公共许可证 Avogadro 2 3句版BSD许可证网站avogadro openmolecules net 目录 1 特點 2 歷史 3 功能 3 1 缺點 4 例子 5 相关条目 6 參考文獻 7 外部連結特點 编辑 nbsp 使用Avogadro繪製氯雷他定的空間填充模型 分子構造 編輯器可在Windows Linux和Mac OS X三種平台上運作 所有的源代碼皆發佈於GNU GPL Avogadro 2則改用3句版BSD许可证授權 支援多國語言 目前有翻譯成中文 法語 德語 意大利語 俄語和西班牙語 預設語言為英文 支持多線程渲染和計算 插件架構的開發 包括渲染 交互式工具 命令 和Python腳本 能openbabel導入文件 輸入生成多種計算化學程序產生的封包 晶體和生物分子 歷史 编辑2007年5月17日發表了Avogadro 為第一次正式公測 也是該軟體首個發佈的版本 0 1 0版 截至2009年6月 已發布到0 9 8版 當時就已經包含了很完整的功能 2009年6月12日 Avogadro被開源發表於Qt 6月23日 Avogadro榮獲SourceForge社區選 擇獎 院士項目 的獎項 10月23日 Avogadro改版並發布1 0正式版 並使用GNU GPLv2條款 9 目前最新版本是1 1 1 2013年4月11日 Avogadro專案釋出Avogadro 2的首個測試版本 其成為Open Chemistry軟體套裝的一部份 10 與其他兩個軟體可以一起使用 也能分開執行 使用Qt4重新編寫代碼 並加入了一系列的新功能 且改為使用3句版的BSD许可证授權 功能 编辑基本功能為分子編輯 創建及構造 並可選擇週期表上任意元素 透過更改元素資料庫 甚至能添加一些新的元素 如 電子偶素與渺子偶素 另外 程式附有自動加上氫功能 能依據酸鹼值添加氫原子 並附有分子結構最適化功能 能依據價電子排斥理論或分子軌域理論進行計算分子結構 令外有額外的分子力學 生物化學 光譜學等功能 但是要先自行準備數據庫方可使用 程式有內附測量功能 可測得鍵角與鍵長等分子物理量 並且能找出其分子的所有異構物 缺點 编辑 由於資料庫資料有限 因此作出的分子結構會與實際值有所誤差 因此 使用軟體作出的一些數據僅供參考 應以實際實驗為主 軟體僅作為輔助功用 例子 编辑 nbsp 正丙硫醇的球棒模型 例如要製作一個丙硫醇 只需現任意將三個碳連接起來 在使用內附的加上氫功能 然後在任意碳上接一個硫 最後再使用分子結構最適化 程序會依據分子力學 元素資料 電負度 孤對電子數等資訊用不同的模型計算出最接近真實的分子結構 三個碳 三個碳加上氫 分子結構最適化 nbsp nbsp nbsp 相关条目 编辑计算化学 计算机科学 简化分子线性输入规范參考文獻 编辑 http sourceforge net projects avogadro files avogadro 1 1 1 Release 1 1 1 2016年5月26日 2018年3月11日 Avogadro 1 2 0 Hanwell Marcus D Curtis Donald E Lonie David C Vandermeersch Tim Zurek Eva Hutchison Geoffrey R Avogadro An advanced semantic chemical editor visualization and analysis platform J Cheminform 2012 4 1 17 PMC 3542060 nbsp PMID 22889332 doi 10 1186 1758 2946 4 17 Ral Mera Adasme Fernando Mendizbal Claudio Olea Azar Sebastin Miranda Rojas Patricio Fuentealba A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure J Phys Chem A 2011 115 17 4397 4405 PMID 21469689 doi 10 1021 jp107498h Michael Salciccioli Weiting Yu Mark A Barteau Jingguang G Chen Dionisios G Vlachos Differentiation of O H and C H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni Pt UsingTheory and Isotopic Labeling Experiments J Am Chem Soc 2011 133 20 7996 8004 PMID 21526776 doi 10 1021 ja201801t Open Babeldocumentation Author Geoffrey R Hutchison Noel M O Boyle Blue Obelisk Organization home page 永久失效連結 開發者網頁 页面存档备份 存于互联网档案馆 sourceforge net 2013 11 21 Marcus Hanwell First Open Chemistry Beta Release 2013 12 16 原始内容存档于2015 08 13 外部連結 编辑Avogadro home page 页面存档备份 存于互联网档案馆 取自 https zh wikipedia org w index php title 亞佛加厥 軟體 amp oldid 81778841, 维基百科,wiki,书籍,书籍,图书馆,

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