1203年第四次十字軍迫使阿历克塞三世逃離君士坦丁堡,狄奥多尔被十字軍囚禁(拜占庭人通常稱十字軍為“拉丁人”),但他逃脫。進入小亞細亞後,開始以岳父名義組織當地希臘人抵抗比提尼亞的拉丁人。他與羅姆蘇丹國建立聯盟,但無法阻止拉丁人的擴張。他也無法阻止阿历克塞在小亞細亞北部建立特拉比松帝國。只有在1205年保加利亚沙皇卡洛扬在阿得里安堡战役(英语:Battle of Adrianople (1205))中打败拉丁帝国军队後,狄奥多尔的立場才得以鞏固。
部分逃離拉丁帝國的希臘人來到小亞細亞,在狄奥多尔的統治下生活。狄奥多尔獲得大多數比提尼亞貴族的支持。在1205年,繼承拜占庭皇帝的頭銜。狄奥多尔於1208年任命米海尔四世(英语:Michael IV of Constantinople)為宗主教,後者在同年4月6日復活節為他正式加冕。部分東正教徒將狄奥多尔視為其教會的主要捍衛者。
阿歷克塞三世企圖重登皇位,並與魯姆蘇丹國的蘇丹凱霍斯魯一世結盟。狄奥多尔於1211年门德雷斯河畔安条克战役中击败支持阿历克塞三世重登皇位的魯姆苏丹國军队。尼西亞帝國在林達庫斯河戰役(英语:Battle of the Rhyndacus (1211))中敗於拉丁帝國,並在隨後的南菲宏條約喪失大部分密細亞地區和馬爾馬拉海海岸。1212年,随着特拉比松皇帝阿历克塞一世的兄弟,镇守特拉比松西部领地的大卫·科穆宁(英语:David Komnenos)去世,尼西亚帝国得以吞并特拉比松在帕弗拉戈尼亚的飞地,从而相对补偿损失给拉丁帝国的领地。[2]雖然狄奧多爾於1220年左右試圖讓拉丁人承認他,但並沒有成功。狄奧多爾於君士坦丁堡附近建立國家,使其繼承者得以於1261年重建拜占庭帝國。
Abulafia, David; McKitterick, Rosamond. The New Cambridge Medieval History V: c. 1198-c. 1300. Cambridge, United Kingdom: Cambridge University Press. 1999 [2020-07-02]. ISBN 0-521-36289-X. (原始内容于2020-07-14).