| 院名 | 地址 | 網址 | 最近一次評鑑成績（效期） | 備註 |
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| 衛生福利部基隆醫院 | | 衛生福利部基隆醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（區域醫院）（2014/01-2017/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2013/01-2016/12）
| - 院史最早可溯及至西元1898年設立的台灣總督府基隆醫院
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| 衛生福利部臺北醫院 | | 衛生福利部臺北醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 新制醫院評鑑優等（2011/01-2014/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2013/01-2016/12）
| - 院史最早可溯及至西元1941年設立的財團法人台灣保健協會保健館
- 城區分院配合都市更新，已於西元2014年2月歇業
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| 衛生福利部雙和醫院 | | 衛生福利部雙和醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（區域醫院－準醫學中心）（2017/01-2020/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2017/01-2020/12）
| - 西元2003年委由臺北醫學大學以BOT方式興建
- 西元2008年正式開院，由臺北醫學大學經營
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| 衛生福利部桃園醫院 | - 總院：桃園市桃園區中山路 1492 號
- 新屋分院：桃園市新屋區新屋里14鄰新福二路六號
| 衛生福利部桃園醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 總院
- 醫院評鑑優等（區域醫院）（2012/01-2015/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2013/01-2016/12）
- 新屋分院：醫院評鑑優等（地區醫院）（2015/01-2018/12）
| - 總院沿革最早可溯及至西元1979年12月15日設立的臺灣省立桃園醫院
- 新屋分院沿革最早可溯及至西元1995年設立的臺灣省立桃園醫院新屋分院
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| 衛生福利部苗栗醫院 | | 衛生福利部苗栗醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（區域醫院）（2012/01-2015/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2014/01-2016/12）
| - 院史最早可溯及至西元1976年5月20日開院的臺灣省立苗栗醫院
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| 衛生福利部豐原醫院 | | 衛生福利部豐原醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（區域醫院）（2013/01-2016/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2012/01-2015/12）
| - 院史最早可溯及至西元1983年4月30日開院的臺灣省立豐原醫院
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| 衛生福利部臺中醫院 | | 衛生福利部臺中醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（區域醫院）（2013/01-2016/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2012/01-2015/12）
| - 院史最早可溯及至西元1895年設立的台灣民政支部診療所
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| 衛生福利部彰化醫院 | | 衛生福利部彰化醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（區域醫院）（2014/01-2017/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2013/01-2016/12）
| - 院史最早可溯及至西元1968年12月設立的臺灣省立彰化醫院
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| 衛生福利部南投醫院 | | 衛生福利部南投醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（地區醫院）（2014/01-2017/12）
| - 院本部沿革最早可溯及至西元1955年10月31日設立的南投縣立醫院
- 中興院區沿革最早可溯及至西元1945年設立的臺灣省行政長官公署秘書處診療室
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| 衛生福利部嘉義醫院 | | 衛生福利部嘉義醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 新制醫院評鑑優等（2011/01-2014/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格(2017/01-2020/12)
| - 院史最早可溯及至西元1895年11月設立的台南縣嘉義支廳診斷所
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| 衛生福利部朴子醫院 | | 衛生福利部朴子醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（地區醫院）（2013/01-2016/12）
| - 院史最早可溯及至西元1985年4月7日開院的臺灣省立朴子醫院
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| 衛生福利部新營醫院 | | 衛生福利部新營醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑合格（地區醫院）（2017/01-2020/12）
| - 院史最早可溯及至西元1948年1月1日自台南縣衛生院門診部改組的臺南縣立醫院
- 北門分院，配合國家長照2.0政策改制臺南市長照中心
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| 衛生福利部臺南醫院 | - 總院：臺南市中西區中山路125號
- 新化分院：臺南市新化區那拔里牧場72號
| 衛生福利部臺南醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 總院
- 醫院評鑑合格（區域醫院）（2020/01-2023/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2017/01-2020/12）
- 新化分院：醫院評鑑合格（地區醫院）（2018/01-2021/12）
| - 院史最早可溯及至西元1896年3月30日設立的台灣總督府台南病院
- 新化分院於西元2001年11月13日啟用（當時名稱：行政院衛生署臺南醫院新化分院）
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| 衛生福利部旗山醫院 | | 衛生福利部旗山醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 新制醫院評鑑優等（2011/01-2014/12）
| - 院史最早可溯及至西元1949年11月設立的高雄縣立旗山醫院
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| 衛生福利部屏東醫院 | | 衛生福利部屏東醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（區域醫院）（2012/01-2015/12）
- 醫事人員類（非醫師）教學醫院評鑑合格（2014/01-2017/12）
| - 院史最早可溯及至西元1910年設立的台灣總督府阿緱病院
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| 衛生福利部恆春旅遊醫院 | | 衛生福利部恆春旅遊醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑合格（地區醫院）（2013/01-2016/12）
| - 院史最早可溯及至西元1949年6月1日設立的高雄縣立恆春醫院
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| 衛生福利部花蓮醫院 | - 總院：花蓮縣花蓮市中正路600號
- 豐濱原住民分院：花蓮縣豐濱鄉豐濱村光豐路41號
| 衛生福利部花蓮醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 總院：醫院評鑑合格（地區醫院）（2013/01-2016/12）
- 豐濱原住民分院：醫院評鑑合格（地區醫院）（2012/01-2015/12）
| - 院史最早可溯及至西元1909年6月1日設立的台灣總督府花蓮港病院
- 豐濱原住民分院沿革可溯及至西元1996年12月26日設立的臺灣省立花蓮醫院豐濱醫療站
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| 衛生福利部臺東醫院 | - 總院：臺東縣臺東市五權街1號
- 成功分院：臺東縣成功鎮中山東路32號
| 衛生福利部臺東醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑優等（地區醫院）（2013/01-2016/12）
| - 成功分院於西元2003年1月1日開診（當時名稱：行政院衛生署臺東醫院成功分院）
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| 衛生福利部澎湖醫院 | - 院本部：澎湖縣馬公市中正路10號
- 前寮院區：澎湖縣前寮里90號6樓
- 安宅院區：澎湖縣安宅里91-2號
| 衛生福利部澎湖醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 院本部及安宅院區：醫院評鑑優等（地區醫院）（2012/01-2015/12）
| - 院史最早可溯及至西元1896年6月設立的澎湖島廳澎湖島病院
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| 衛生福利部金門醫院 | | | - 院本部：醫院評鑑合格（地區醫院）（2013/01-2016/12）
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| 衛生福利部八里療養院 | | 衛生福利部八里療養院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 新制精神科醫院評鑑優等（2011/01-2014/12）
- 新制精神科教學醫院評鑑合格（2013/01-2015/12）
| - 院史最早可溯及至西元1990年開院的臺灣省立桃園療養院八里分院
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| 衛生福利部桃園療養院 | | 衛生福利部桃園療養院 （页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 精神科醫院評鑑優等（2015/01-2018/12）
- 醫師及醫事人員類精神科教學醫院評鑑合格（2014/01-2017/12）
| - 院史最早可溯及至西元1934年開院的臺灣總督府養神院
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| 衛生福利部草屯療養院 | | 衛生福利部草屯療養院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 院本部
- 新制精神科醫院評鑑優等（2011/01-2014/12）
- 醫師及醫事人員類精神科教學醫院評鑑合格（2014/01-2017/12）
| - 院史最早可溯及至西元1983年7月15日設立的臺灣省立草屯療養院
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| 衛生福利部嘉南療養院 | | 衛生福利部嘉南療養院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 新制精神科醫院評鑑優等（2011/01-2014/12）
- 醫師及醫事人員類精神科教學醫院評鑑合格（2014/01-2017/12）
| - 院史最早可溯及至西元1998年8月19日設立的臺灣省立嘉南療養院
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| 衛生福利部玉里醫院 | - 院本部：花蓮縣玉里鎮中華路448號
- 祥和院區：花蓮縣玉里鎮興國路二段250號
- 新興院區：花蓮縣玉里鎮新興街95號
- 萬寧院區：花蓮縣富里鄉萬寧村鎮寧141號
- 溪口院區：花蓮縣壽豐鄉溪口村中山路一段50號
| 衛生福利部玉里醫院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 院本部
- 新制精神科醫院評鑑優等（2012/01-2015/12）
- 醫師及醫事人員類精神科教學醫院評鑑合格（2012/01-2014/12）
- 醫院評鑑合格（地區醫院）（2012/01-2015/12）
| - 院史最早可溯及至西元1966年9月1日設立的臺灣省立玉里養護所
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| 衛生福利部樂生療養院 | - 迴龍院區（院本部）：桃園市龜山區萬壽路一段50巷2號
| 衛生福利部樂生療養院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 醫院評鑑合格（地區醫院）（2014/01-2017/12）
- 醫事人員類（非醫師）教學醫院評鑑合格（2014/01-2017/12）
| - 院史最早可溯及至西元1930年設立的台灣總督府樂生院
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| 衛生福利部胸腔病院 | | 衛生福利部胸腔病院（页面存档备份，存于互联网档案馆） | - 新制醫院評鑑優等（2011/01-2014/12）
- 醫師及醫事人員類教學醫院評鑑合格（2014/01-2017/12）
| - 院史最早可溯及至西元1915年設立的台北廳錫口養生院
- 西元2003年7月17日，原行政院衛生署臺南慢性防治院更名為行政院衛生署胸腔病院（院本部南遷）
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