UniProt共同体由欧洲生物信息研究所, 瑞士生物信息研究所（英语：Swiss Institute of Bioinformatics），以及美国Protein Information Resource（英语：Protein Information Resource）组成。欧洲生物信息研究所坐落于英国茵格斯顿（英语：Hinxton）的Wellcome Trust Genome Campus（英语：Wellcome Trust Genome Campus），拥有大量的生物信息学数据库及服务资源。瑞士生物信息研究所位于瑞士的日内瓦，维持專家蛋白質分析系統（英语：ExPASy）（Expert Protein Analysis System，一个蛋白质组学工具和数据库资源中心）服务器的运作。2002年，EBI，SIB和PIR联合成为UniProt共同体[1]。
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