PyMOL

PyMOL是一个开放源码，由使用者贊助的分子三维结构显示软件。由Warren Lyford DeLano编写，並且由DeLano Scientific LLC將它商業化。DeLano Scientific LLC是一個私人的軟體公司，它致力於創造讓普遍的科學與教育社群都能取得的好用軟體工具。

PyMOL

PyMOL的使用界面：包括一个图形显示窗口和一个GUI窗口。
開發者	DeLano Scientific LLC
当前版本	2.5.0 (2021年5月10日)^[1] 2.5.5 (2023年3月27日；穩定版本)^[2]
源代码库	github.com/schrodinger/pymol-open-source
操作系统	Windows、各类Linux和Unix、OSX
类型	分子建模
许可协议	開放源碼，使用者贊助
网站	pymol.sourceforge.net

PyMOL适用于创作高品質的小分子或是生物大分子（特别是蛋白質）的三维结构圖像。軟體的作者宣称，在所有正式发表的科學文獻中的蛋白質結構圖像中，有四分之一是使用PyMOL來製作。

PyMOL是少數可以用在結構生物学领域的开放源代码視覺化工具。

軟體以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出來的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

商业化举措

自2006年8月1日起，DeLano Scientific對於事先編譯過的PyMOL執行程式（包括beta版）的取得採取限定下載的措施。 目前，完全无限制的可執行程序只有付費用戶可以取得。学生和教师可以通过一项声明来取得教育版PyMOL以用于教学和其它受限制的领域。用户还可以在一定时间内免费使用评估版本，以便于决定是否购买该软件。

PyMOL的源代碼目前仍可以免費下载，供使用者编译。對於Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统，非付费用户可以通过自行编译源代碼来获得PyMOL執行程式；而对于Windows的使用者，如果不安装第三方软件，则无法编译源代碼。這表示使用Windows的用户取得新版PyMOL（PyMOL1.0及之后的版本）執行程式的方式就是成為付費會員，或者使用第三方软件（如Cygwin）进行编译^[3]。

类似软件

• VMD
• Gabedit
• Molden
• Moleke
• Molecular modelling
• Jmol
• RasMol
• WHAT IF software
• Cn3D

参考文献

1. Release 2.5.0. 2021年5月10日 [2021年5月16日]. 
2. PyMOL v2.5.5 Maintenance Release. 2023年3月27日 [2023年10月12日]. 
3. （英文）Windows Install. [2008年1月9日]. （原始内容于2007年10月25日）. 

外部連結

• PyMOL主页（页面存档备份，存于互联网档案馆）
• PyMOL Wiki（页面存档备份，存于互联网档案馆）
• DeLano Scientific LLC（页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Protein alignment program coupled with PyMOL（页面存档备份，存于互联网档案馆）