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MyISAM是MySQL的預設資料庫引擎（5.5版之前），由早期的ISAM所改良。雖然效能極佳，但卻有一個缺點：不支援事务處理（transaction）。不過，在這幾年的發展下，MySQL也導入了InnoDB（另一種資料庫引擎），以強化參考完整性與並行違規處理機制，後來就逐漸取代MyISAM。
每個MyISAM資料表，皆由儲存在硬碟上的3個檔案所組成，每個檔案都以資料表名稱為主檔名，並搭配不同副檔名區分檔案類型：
.frm－－儲存資料表定義，此檔案非MyISAM引擎的一部份。.MYD－－存放真正的資料。.MYI－－儲存索引資訊。
與InnoDB之比較 - InnoDB可藉由交易記錄檔（Transaction Log）來恢復程式崩潰（crash），或非預期結束所造成的資料錯誤；而MyISAM遇到錯誤，必須完整掃瞄後才能重建索引，或修正未寫入硬碟的錯誤。InnoDB的修復時間，大略都是固定的，但MyISAM的修復時間，則與資料量的多寡成正比。相對而言，隨著資料量的增加，InnoDB會有較佳的穩定性。
- MyISAM必須依靠作業系統來管理讀取與寫入的快取，而InnoDB則是有自己的讀寫快取管理機制。（InnoDB不會將被修改的資料分頁立即交給作業系統）因此在某些情況下，InnoDB的資料存取會比MyISAM更有效率。
- InnoDB目前並不支援MyISAM所提供的壓縮與terse row formats，所以對硬碟與快取記憶體的使用量較大。因此MySQL從5.0版開始，提供另一個負載較輕的格式，他可減少約略20%的系統負載，而壓縮功能已計畫於未來的新版中推出。
- 當操作完全相容ACID（交易）時，雖然InnoDB會自動合併數筆連線，但每次有交易產生時，仍至少須寫入硬碟一次，因此對於某些硬碟或磁碟陣列，會造成每秒200次的交易处理上限。若希望達到更高的效能且保持交易的完整性，就必使用磁碟快取與電池備援。當然InnoDB也提供數種對效能衝擊較低的模式，但相對的也會降低交易的完整性。而MyISAM則無此問題，但這並非因為它比較先進，這只是因為它不支援交易。
相關條目參考連結 - MySQL Documentation on MyISAM Storage Engine（页面存档备份，存于互联网档案馆）
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