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GROMACS

一月 31, 2023

GROMACS（全称：GROningen MAchine for Chemical Simulations，格罗宁根化学模拟体系）是一套分子动力学模拟程序包，主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发，目前由来自世界各地的大学和研究机构维护[5][6][7]。GROMACS是开源免费的软件，4.6版之前的版本使用GNU通用公共许可证(GPL)发行，而4.6版之后使用GNU宽通用公共许可证(LGPL)发行[8]。

GROMACS
開發者格罗宁根大学
皇家工学院
乌普萨拉大学[1]
首次发布1991年，​32年前​（1991）
目前版本
  • 2018.1 (2018年3月21日；穩定版本)[2]
源代码库
  • gitlab.com/gromacs/gromacs.git
编程语言C, C++
操作系统Linux, macOS, Windows, 以及其它Unix 变种
系統平台x86, x86-64
语言英语
类型分子动力学模拟
许可协议LGPL 版本 >= 4.6,
GPL 版本 < 4.6[3]
网站www.gromacs.org



历史

GROMACS项目始于1991年，由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发(1991-2000)，起初目标是构建一个在环形架构集群中进行并行计算的分子模拟环境。之后同一研究组使用C语言重写了程序，替代早期的Fortran 77版本。目前，Fortran 77编译器是可选的，Fortran代码仍然被用于性能敏感的模块[9]。

2001年开始，GROMACS由瑞典皇家工学院和乌普萨拉大学开发。

特性

基于算法上的优化，GROMACS效率很高。并且，GROMACS使用编译安装以期望在特定处理器下达到最优化的运行效率。GROMACS使用命令行接口运转，使用文件输入输出，提供剩余时间估计(ETA)反馈，提供分子轨迹查看器及分子轨迹分析扩展包。[3]。此外，GROMACS支持多种力场，能并行运行，或使用MPI做集群计算。GROMACS使用PDB文件导入分子坐标信息。导入一个或多个（例如溶剂）分子坐标文件开始计算，程序间隔一段模拟时间取样输出轨迹文件，这些轨迹文件可用自带的工具或自行编程分析[10]。

彩蛋

截至2010年1月 (2010-01)，GROMACS的源代码中含有大约400个英语以GROMACS为缩略语的笑话，这些句子随机出现在程序运行的输出流中。

应用

GROMACS的非GPL许可证版本被应用于分布式计算项目Folding@home[11][12]。模拟人工生命的EvoGrid是另一个应用了GROMACS的项目[13]。

参考资料

  1. ^ The GROMACS development team. [2016-12-25]. （原始内容于2020-02-26）. 
  2. ^ GROMACS 2018.1 release notes. [2018年4月11日] （英語）. 
  3. ^ 3.0 3.1 About Gromacs. gromacs.org. 16 August 2010 [2012-06-26]. （原始内容于2020-11-27）. 
  4. ^ Gromacs Downloads. gromacs.org. [2015-09-28]. （原始内容于2020-11-27）. 
  5. ^ People — Gromacs. gromacs.org. 14 March 2012 [26 June 2012]. （原始内容于2020-02-26）. 
  6. ^ Van Der Spoel D, Lindahl E, Hess B, Groenhof G, Mark AE, Berendsen HJ. GROMACS: fast, flexible, and free. J Comput Chem. 2005, 26 (16): 1701–18. PMID 16211538. doi:10.1002/jcc.20291. 
  7. ^ Hess B, Kutzner C, Van Der Spoel D, Lindahl E. GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation. J Chem Theory Comput. 2008, 4 (2): 435. doi:10.1021/ct700301q. 
  8. ^ GPUs — Gromacs. gromacs.org. 20 January 2012 [26 June 2012]. （原始内容于2020-11-27）. 
  9. ^ GROMACS FAQ. gromacs.org. [24 December 2016]. （原始内容于2020-02-04）. 
  10. ^ . gromacs.org. 18 January 2009 [26 June 2012]. （原始内容存档于2010-06-24）. 
  11. ^ Pande lab. Folding@home Open Source FAQ. Folding@home. Stanford University. 11 June 2012 [26 June 2012]. （原始内容 (FAQ)存档于2012年9月21日）. 
  12. ^ Adam Beberg; Daniel Ensign; Guha Jayachandran; Siraj Khaliq; Vijay Pande. Folding@home: Lessons From Eight Years of Volunteer Distributed Computing (PDF). Parallel & Distributed Processing, IEEE International Symposium. 2009: 1–8 [2016-12-25]. ISBN 978-1-4244-3751-1. ISSN 1530-2075. doi:10.1109/IPDPS.2009.5160922. （原始内容 (PDF)于2017-08-08）. 
  13. ^ Markoff, John. Wanted: Home Computers to Join in Research on Artificial Life. The New York Times. 29 September 2009 [26 June 2012]. （原始内容于2018-01-31）. 

外部链接

  • 官方网站
  • GROMACS on GPUs （页面存档备份，存于互联网档案馆）
  • Binaries of GROMACS 4.6.5 for Windows / Cygwin （页面存档备份，存于互联网档案馆）
  • GROMACS on the bwHPC Clusters in Germany （页面存档备份，存于互联网档案馆）

一月 31, 2023
gromacs, 全称, groningen, machine, chemical, simulations, 格罗宁根化学模拟体系, 是一套分子动力学模拟程序包, 主要用来模拟研究蛋白质, 脂质, 核酸等生物分子的性质, 它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发, 目前由来自世界各地的大学和研究机构维护, 是开源免费的软件, 6版之前的版本使用gnu通用公共许可证, 发行, 而4, 6版之后使用gnu宽通用公共许可证, lgpl, 发行, 開發者格罗宁根大学皇家工学院乌普萨拉大学, 首次发布1991年, 32年前,. GROMACS 全称 GROningen MAchine for Chemical Simulations 格罗宁根化学模拟体系 是一套分子动力学模拟程序包 主要用来模拟研究蛋白质 脂质 核酸等生物分子的性质 它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发 目前由来自世界各地的大学和研究机构维护 5 6 7 GROMACS是开源免费的软件 4 6版之前的版本使用GNU通用公共许可证 GPL 发行 而4 6版之后使用GNU宽通用公共许可证 LGPL 发行 8 GROMACS開發者格罗宁根大学皇家工学院乌普萨拉大学 1 首次发布1991年 32年前 1991 目前版本2018 1 2018年3月21日 穩定版本 2 源代码库gitlab wbr com wbr gromacs wbr gromacs wbr git编程语言C C 操作系统Linux macOS Windows 以及其它Unix 变种系統平台x86 x86 64语言英语类型分子动力学模拟许可协议LGPL 版本 gt 4 6 GPL 版本 lt 4 6 3 网站www wbr gromacs wbr org 目录 1 历史 2 特性 2 1 彩蛋 3 应用 4 参考资料 5 外部链接历史 编辑GROMACS项目始于1991年 由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发 1991 2000 起初目标是构建一个在环形架构集群中进行并行计算的分子模拟环境 之后同一研究组使用C语言重写了程序 替代早期的Fortran 77版本 目前 Fortran 77编译器是可选的 Fortran代码仍然被用于性能敏感的模块 9 2001年开始 GROMACS由瑞典皇家工学院和乌普萨拉大学开发 特性 编辑基于算法上的优化 GROMACS效率很高 并且 GROMACS使用编译安装以期望在特定处理器下达到最优化的运行效率 GROMACS使用命令行接口运转 使用文件输入输出 提供剩余时间估计 ETA 反馈 提供分子轨迹查看器及分子轨迹分析扩展包 3 此外 GROMACS支持多种力场 能并行运行 或使用MPI做集群计算 GROMACS使用PDB文件导入分子坐标信息 导入一个或多个 例如溶剂 分子坐标文件开始计算 程序间隔一段模拟时间取样输出轨迹文件 这些轨迹文件可用自带的工具或自行编程分析 10 彩蛋 编辑 截至2010年1月 2010 01 update GROMACS的源代码中含有大约400个英语以GROMACS为缩略语的笑话 这些句子随机出现在程序运行的输出流中 应用 编辑GROMACS的非GPL许可证版本被应用于分布式计算项目Folding home 11 12 模拟人工生命的EvoGrid是另一个应用了GROMACS的项目 13 参考资料 编辑 The GROMACS development team 2016 12 25 原始内容存档于2020 02 26 GROMACS 2018 1 release notes 2018年4月11日 英語 引文格式1维护 未识别语文类型 link 3 0 3 1 About Gromacs gromacs org 16 August 2010 2012 06 26 原始内容存档于2020 11 27 Gromacs Downloads gromacs org 2015 09 28 原始内容存档于2020 11 27 People Gromacs gromacs org 14 March 2012 26 June 2012 原始内容存档于2020 02 26 Van Der Spoel D Lindahl E Hess B Groenhof G Mark AE Berendsen HJ GROMACS fast flexible and free J Comput Chem 2005 26 16 1701 18 PMID 16211538 doi 10 1002 jcc 20291 Hess B Kutzner C Van Der Spoel D Lindahl E GROMACS 4 Algorithms for Highly Efficient Load Balanced and Scalable Molecular Simulation J Chem Theory Comput 2008 4 2 435 doi 10 1021 ct700301q GPUs Gromacs gromacs org 20 January 2012 26 June 2012 原始内容存档于2020 11 27 GROMACS FAQ gromacs org 24 December 2016 原始内容存档于2020 02 04 GROMACS flow chart gromacs org 18 January 2009 26 June 2012 原始内容存档于2010 06 24 Pande lab Folding home Open Source FAQ Folding home Stanford University 11 June 2012 26 June 2012 原始内容 FAQ 存档于2012年9月21日 Adam Beberg Daniel Ensign Guha Jayachandran Siraj Khaliq Vijay Pande Folding home Lessons From Eight Years of Volunteer Distributed Computing PDF Parallel amp Distributed Processing IEEE International Symposium 2009 1 8 2016 12 25 ISBN 978 1 4244 3751 1 ISSN 1530 2075 doi 10 1109 IPDPS 2009 5160922 原始内容存档 PDF 于2017 08 08 Markoff John Wanted Home Computers to Join in Research on Artificial Life The New York Times 29 September 2009 26 June 2012 原始内容存档于2018 01 31 外部链接 编辑官方网站 GROMACS on GPUs 页面存档备份 存于互联网档案馆 Binaries of GROMACS 4 6 5 for Windows Cygwin 页面存档备份 存于互联网档案馆 GROMACS on the bwHPC Clusters in Germany 页面存档备份 存于互联网档案馆 取自 https zh wikipedia org w index php title GROMACS amp oldid 75270530, 维基百科，wiki，书籍，书籍，图书馆，

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