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邻接法

邻接法(英文:neighbor-joining method;又称 NJ 法),生物信息学术语,是一種用於构建系統發生樹(演化树)的快速聚类方法,由日本遗传学家齋藤成也平文式罗马字:Saitou Naruya)和日裔美国生物学家根井正利(Nei Masatoshi)二人在1987年創立[2]。使用邻接法構建演化树時,通常需要基於 DNA 序列蛋白质数据,以此了解每對分類單元之間的距離,通过确定距离最近(或相邻)的成对分類單元使演化树的总距离达到最小,循环地将相邻点合并成新的点,最终形成完整的樹型[3][4]

2002年日本國立遺傳學研究所學者齋藤成也根據世界上18個人類族群的23種遺傳訊息,以邻接法估算而成的遺傳距離分支图[1]

邻接法不需要關於分子钟的假设,不考虑任何优化标准,基本思想是进行类的合并时,不仅要求待合并的类是相近的,而且要求待合并的类远离其他的类,从而通过对完全没有解析出的星型演化树进行分解,来不断改善星型演化树[5]

参阅 编辑

参考文献 编辑

  1. ^ . 九州大学総合研究博物館日语九州大学総合研究博物館. (日語)
  2. ^ Saitou, N. & Nei, M. . Molecular Biology and Evolution英语Molecular Biology and Evolution. 1987-07-01, 4 (4): 406–425 [2020-09-19]. PMID 3447015. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454 . 原始内容存档于2014-12-25. 
  3. ^ Didelot, Xavier. "Sequence-Based Analysis of Bacterial Population Structures". Robinson, D. Ashley; Falush, Daniel & Feil, Edward J (编). Bacterial Population Genetics in Infectious Disease. Hoboken, NJ: John Wiley and Sons. 2010: 46–47 [2021-07-02]. ISBN 978-0-470-42474-2. (原始内容于2021-07-25). 
  4. ^ 第二届植物学名词审定委员会 (编). 植物学名词 (2版). 北京: 科学出版社. 2019 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-062178-8. (原始内容于2021-10-23). (简体中文)
  5. ^ 古生物学名词审定委员会 (编). 古生物学名词 (2版). 北京: 科学出版社. 2009 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-025433-7. (原始内容于2021-10-23). (简体中文)

外部链接 编辑

邻接法, 英文, neighbor, joining, method, 又称, 生物信息学术语, 是一種用於构建系統發生樹, 演化树, 的快速聚类方法, 由日本遗传学家齋藤成也, 平文式罗马字, saitou, naruya, 和日裔美国生物学家根井正利, masatoshi, 二人在1987年創立, 使用構建演化树時, 通常需要基於dna, 序列或蛋白质数据, 以此了解每對分類單元之間的距離, 通过确定距离最近, 或相邻, 的成对分類單元使演化树的总距离达到最小, 循环地将相邻点合并成新的点, 最终形成完整的樹型. 邻接法 英文 neighbor joining method 又称 NJ 法 生物信息学术语 是一種用於构建系統發生樹 演化树 的快速聚类方法 由日本遗传学家齋藤成也 平文式罗马字 Saitou Naruya 和日裔美国生物学家根井正利 Nei Masatoshi 二人在1987年創立 2 使用邻接法構建演化树時 通常需要基於DNA 序列或蛋白质数据 以此了解每對分類單元之間的距離 通过确定距离最近 或相邻 的成对分類單元使演化树的总距离达到最小 循环地将相邻点合并成新的点 最终形成完整的樹型 3 4 2002年日本國立遺傳學研究所學者齋藤成也根據世界上18個人類族群的23種遺傳訊息 以邻接法估算而成的遺傳距離分支图 1 邻接法不需要關於分子钟的假设 不考虑任何优化标准 基本思想是进行类的合并时 不仅要求待合并的类是相近的 而且要求待合并的类远离其他的类 从而通过对完全没有解析出的星型演化树进行分解 来不断改善星型演化树 5 参阅 编辑最邻近搜索参考文献 编辑 nbsp 生物学主题 モンゴロイドの形成 九州大学総合研究博物館 日语 九州大学総合研究博物館 日語 Saitou N amp Nei M The neighbor joining method a new method for reconstructing phylogenetic trees Molecular Biology and Evolution 英语 Molecular Biology and Evolution 1987 07 01 4 4 406 425 2020 09 19 PMID 3447015 doi 10 1093 oxfordjournals molbev a040454 nbsp 原始内容存档于2014 12 25 Didelot Xavier Sequence Based Analysis of Bacterial Population Structures Robinson D Ashley Falush Daniel amp Feil Edward J 编 Bacterial Population Genetics in Infectious Disease Hoboken NJ John Wiley and Sons 2010 46 47 2021 07 02 ISBN 978 0 470 42474 2 原始内容存档于2021 07 25 第二届植物学名词审定委员会 编 植物学名词 2版 北京 科学出版社 2019 2021 10 23 ISBN 978 7 03 062178 8 原始内容存档于2021 10 23 简体中文 古生物学名词审定委员会 编 古生物学名词 2版 北京 科学出版社 2009 2021 10 23 ISBN 978 7 03 025433 7 原始内容存档于2021 10 23 简体中文 外部链接 编辑邻接法运用教程 页面存档备份 存于互联网档案馆 取自 https zh wikipedia org w index php title 邻接法 amp oldid 79308888, 维基百科,wiki,书籍,书籍,图书馆,

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