立陶宛猶太人大屠殺可大致分為1941年6月至12月、1941年12月至1943年3月,以及1943年4月至1944年7月三個階段[2]:205-206。大多數立陶宛猶太人(約17萬5000人)在第一階段即遇害[3]:161,納粹德國入侵前一週立陶宛爆發了反抗蘇聯統治的六月起義,反蘇武裝組織立陶宛行動前線(英语:Lithuanian Activist Front)控制了數個城市,開始進行反猶宣傳並攻擊猶太人,納粹德國於6月22日入侵,6月25日與26日立陶宛民兵首領阿爾吉爾達斯·克利馬蒂斯率800人的武裝開始考那斯反猶騷亂,殺害考那斯的猶太人,並摧毀了多座猶太教堂和房舍,納粹親衛隊旅隊領袖法蘭茲·華特·史塔列克(英语:Franz Walter Stahlecker)稱截至6月28日考那斯已有3800名猶太人被殺,周圍鄉鎮另有1200人遇害[9],1990年代起有史學家質疑史塔列克的數據,認為此事件的遇難人數應有誇大[10]。
隨著德軍佔領立陶宛,別動隊開始組織殺害當地猶太人[3]:159,已知第一起案件發生在邊境城鎮加爾格日代,該地距早前已被德國佔領的克萊佩達僅18公里,鎮上的猶太社群歷史相當悠久,6月22日德軍佔領加爾格日代,槍殺了鎮上的800名猶太人,另有100名非猶太人也遇害(其中許多為試圖幫助猶太人者)[3]:161[7]。大多數立陶宛猶太人沒有被要求居住在隔都,也沒有被送往當時剛開始運營的集中營,而是直接在住處附近被槍殺,例如1941年10月29日考那斯大屠殺(英语:Kaunas massacre of October 29, 1941)等多起屠殺發生在考那斯要塞的第九堡壘(英语:Ninth Fort)、波納里大屠殺則發生在維爾紐斯附近的波納里森林[3]:159[11][12]。1942年約還有45000名立陶宛猶太人,大多為住在隔都或被送往集中營者,第二階段的屠殺漸緩,德國強迫立陶宛猶太人勞動以支撐戰時經濟[2]:214-215,第三階段納粹再度以殺害猶太人為主要目標,將隔都與集中營中剩餘的多數猶太人殺害[2]:216-217。
以色列猶太大屠殺紀念館的首席歷史學家黛娜·波拉特在著作中提到立陶宛人向納粹別動隊展示如何殺害婦女與小孩,並指納粹入侵初期德軍主要是殺害男人,立陶宛人則常連婦女小孩一起殺害[3]:165-166。納粹德國政府領導組織殺害猶太人的計畫,立陶宛當地的合作者則負責規劃後勤事宜,並在納粹的指示下執行屠殺[3]:161[7][2]:214-215。納粹親衛隊旅隊領袖法蘭茲·華特·史塔列克於1941年6月25日抵達考那斯並公開發表反猶演說[13],他在10月的一則報告中提到自己成功掩蓋了行動小組的屠殺行動,使屠殺看起來是當地人所為[13][14]。納粹佔領後,立陶宛許多右翼的反蘇游擊隊紛紛與其接觸,例如1941年6月即在考那斯發動屠殺的阿爾吉爾達斯·克利馬蒂斯。1941年6月24日立陶宛安全警察成立,歸納粹安全警察管轄,參與納粹佔領區內對猶太人等族群的屠殺[14],甚至有納粹指揮官的報告中稱立陶宛安全警察的人員對屠殺的積極程度比自己還高[3]:166-167;維爾紐斯地區立陶宛志願者組成、由納粹指揮的立陶宛特別支隊(英语:Ypatingasis būrys)(Ypatingasis būrys)也參與了波納里大屠殺等多起屠殺[11][12];還有一些立陶宛人加入了當時已解散、但由納粹重建的法西斯軍事組織鐵狼(英语:Iron Wolf (organization))[7]。
^ 4.04.1Kwiet, Konrad. Rehearsing for Murder: The Beginning of the Final Solution in Lithuania in June 1941. Holocaust and Genocide Studies. 1998, 1 (12): 3–26. ISSN 8756-6583. doi:10.1093/hgs/12.1.3.
^Matthäus, Jürgen. Operation Barbarossa and the onset of the Holocaust. Christopher R. Browning (编). The Origins of the Final Solution: The Evolution of Nazi Jewish Policy, September 1939–March 1942. University of Nebraska Press(英语:University of Nebraska Press). 2007: 244–294. ISBN 978-0-8032-5979-9.
^Daniel Brook(英语:Daniel Brook), "Double Genocide. Lithuania wants to erase its ugly history of Nazi collaboration—by accusing Jewish partisans who fought the Germans of war crimes." (页面存档备份,存于互联网档案馆), Slate (magazine)(英语:Slate (magazine)), July 26, 2015
^ 7.07.17.27.37.47.57.67.7MacQueen, Michael. The Context of Mass Destruction: Agents and Prerequisites of the Holocaust in Lithuania. Holocaust and Genocide Studies. 1998, 12 (1): 27–48. ISSN 8756-6583. doi:10.1093/hgs/12.1.27.
^Stasiulis, Stanislovas. The Holocaust in Lithuania: The Key Characteristics of Its History, and the Key Issues in Historiography and Cultural Memory. East European Politics and Societies: and Cultures. 2019, 34 (1): 261–279. ISSN 0888-3254. doi:10.1177/0888325419844820.
^Gitelman, Zvi. Bitter Legacy: Confronting the Holocaust in the USSR. Indiana University Press. 1998: 97, 102 [2021-07-29]. ISBN 0-253-33359-8. (原始内容于2020-08-20).
^Bubnys, Arūnas. Vokiečių ir lietuvių saugumo policija (1941–1944) (German and Lithuanian security police: 1941–1944). Genocidas Ir Rezistencija. 1997, I [2006-06-09]. ISSN 1392-3463. (原始内容存档于2012-10-26) (立陶宛语).
^ 11.011.1. Institute of National Remembrance. [2007-02-10]. (原始内容存档于2007-10-17) (波兰语).
^ 13.013.1Extracts from a Report by Einsatzgruppe a in the Baltic Countries. Jewish Virtual Library. 1941-10-15 [2008-08-06]. (原始内容于2016-08-29).
^ 14.014.1Bubnys, Arūnas. Vokiečių ir lietuvių saugumo policija (1941–1944) (German and Lithuanian security police: 1941–1944). Genocidas Ir Rezistencija. 1997, 1 (1) [2021-07-29]. ISSN 1392-3463. (原始内容存档于2012-10-26) (立陶宛语).