台灣的自然保護區，是為維護森林生態環境，保存生物多樣性而在森林區域內設置的保護區，由行政院農業委員會核定公告[1]。
「自然保護區」前身「國有林自然保護區」，系由臺灣省政府農林廳依據「森林法」及1998年2月25日由臺灣省政府訂定發布的「臺灣省國有林自然保護區設置管理辦法」公告設置。自1999年7月1日起，國有林重歸中央經營管理。2006年3月17日，臺灣省政府公告廢止「臺灣省國有林自然保護區設置管理辦法」，中央主管機關即行政院農業委員會遂于2006年4月10日依據「森林法」及2005年7月7日由農委會訂定發布的「自然保護區設置管理辦法」，將僅存9處「國有林自然保護區」中的6處公告為「自然保護區」。
自然保護區列表參考資料 - ^ . 農委會林務局. 2014-07-09 [2014-10-30]. （原始内容存档于2014-10-16）.
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