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內環結構

二月 10, 2024

內環結構（Internal loop）是一種RNA的高級結構，是RNA雙鏈中兩條鏈上對位的核苷酸殘基的鹼基無法配對產生的膨起環。內環分爲對稱和不對稱兩種。其中，對稱的內環是兩條鏈上對位的核苷酸殘基同時膨起產生的，而不對稱的內環結構中，只有一條鏈上有幾個核苷酸殘基膨起。對稱內環結構不是很穩定，一般只出現在RNA分子的移動過程中。而不對稱內環相對穩定。在核糖體RNA（rRNA）中就有較豐富的內環結構[1][2]。

如圖，最上端的結構是莖環結構（髮卡結構），自上往下第二個結構是對稱內環結構，第三、第四、第五個結構是不對稱內環結構

內環結構和莖環結構（髮卡結構）的區別在於，內環結構出現在RNA雙鏈的內部，「環」兩端都是閉合雙鏈。而莖環結構的「環」出現在雙鏈的一端[2][1]。

內環可分為對稱或不對稱，其中一些不對稱的內環也稱為凸起(bulge)。 許多重要的結構圖案均由內環組成，例如 C-環[3]、 對接彎頭(the docking-elbow)[4]、 扭結轉彎（k 轉彎）(kink-turns, k-turn)[5][6]、 直角[7]、 sarcin/ricin 環（也稱為為凸起-G, bulged-G 基序）[8][9][10]、 扭曲基序[11]、 和UAA/GAN 內環基序[12]。

參見 编辑

參考 编辑

  1. ^ 1.0 1.1 RNA二级结构的预测. 東南大學生物信息學實驗室. [2018-01-27]. （原始内容于2018-01-27）. 
  2. ^ 2.0 2.1 P. H. van Knippenberg; C. W. Hilbers. Structure and Dynamics of RNA. Springer Science & Business Media. 8 March 2013: 197–199. ISBN 978-1-4684-5173-3. 
  3. ^ Lescoute, A; Leontis, NB; Massire, C; Westhof, E. Recurrent structural RNA motifs, Isostericity Matrices and sequence alignments.. Nucleic Acids Research. 2005, 33 (8): 2395–409. PMC 1087784  . PMID 15860776. doi:10.1093/nar/gki535. 
  4. ^ Lehmann, J; Jossinet, F; Gautheret, D. A universal RNA structural motif docking the elbow of tRNA in the ribosome, RNAse P and T-box leaders.. Nucleic Acids Research. May 1, 2013, 41 (10): 5494–502. PMC 3664808  . PMID 23580544. doi:10.1093/nar/gkt219. 
  5. ^ Klein, D.J. The kink-turn: a new RNA secondary structure motif. The EMBO Journal. 2001, 20 (15): 4214–4221. ISSN 1460-2075. PMC 149158  . PMID 11483524. doi:10.1093/emboj/20.15.4214. 
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  12. ^ 12.0 12.1 Lee, JC; Gutell, RR; Russell, R. The UAA/GAN internal loop motif: a new RNA structural element that forms a cross-strand AAA stack and long-range tertiary interactions.. Journal of Molecular Biology. Jul 28, 2006, 360 (5): 978–88. PMID 16828489. doi:10.1016/j.jmb.2006.05.066. 

二月 10, 2024
內環結構, internal, loop, 是一種rna的高級結構, 是rna雙鏈中兩條鏈上對位的核苷酸殘基的鹼基無法配對產生的膨起環, 內環分爲對稱和不對稱兩種, 其中, 對稱的內環是兩條鏈上對位的核苷酸殘基同時膨起產生的, 而不對稱的中, 只有一條鏈上有幾個核苷酸殘基膨起, 對稱不是很穩定, 一般只出現在rna分子的移動過程中, 而不對稱內環相對穩定, 在核糖體rna, rrna, 中就有較豐富的, 如圖, 最上端的結構是莖環結構, 髮卡結構, 自上往下第二個結構是對稱, 第三, 第四, 第五個結構是不對稱和莖. 內環結構 Internal loop 是一種RNA的高級結構 是RNA雙鏈中兩條鏈上對位的核苷酸殘基的鹼基無法配對產生的膨起環 內環分爲對稱和不對稱兩種 其中 對稱的內環是兩條鏈上對位的核苷酸殘基同時膨起產生的 而不對稱的內環結構中 只有一條鏈上有幾個核苷酸殘基膨起 對稱內環結構不是很穩定 一般只出現在RNA分子的移動過程中 而不對稱內環相對穩定 在核糖體RNA rRNA 中就有較豐富的內環結構 1 2 如圖 最上端的結構是莖環結構 髮卡結構 自上往下第二個結構是對稱內環結構 第三 第四 第五個結構是不對稱內環結構內環結構和莖環結構 髮卡結構 的區別在於 內環結構出現在RNA雙鏈的內部 環 兩端都是閉合雙鏈 而莖環結構的 環 出現在雙鏈的一端 2 1 內環可分為對稱或不對稱 其中一些不對稱的內環也稱為凸起 bulge 許多重要的結構圖案均由內環組成 例如 C 環 3 對接彎頭 the docking elbow 4 扭結轉彎 k 轉彎 kink turns k turn 5 6 直角 7 sarcin ricin 環 也稱為為凸起 G bulged G 基序 8 9 10 扭曲基序 11 和UAA GAN 內環基序 12 參見 编辑假結結構 莖環結構參考 编辑 1 0 1 1 RNA二级结构的预测 東南大學生物信息學實驗室 2018 01 27 原始内容存档于2018 01 27 2 0 2 1 P H van Knippenberg C W Hilbers Structure and Dynamics of RNA Springer Science amp Business Media 8 March 2013 197 199 ISBN 978 1 4684 5173 3 Lescoute A Leontis NB Massire C Westhof E Recurrent structural RNA motifs Isostericity Matrices and sequence alignments Nucleic Acids Research 2005 33 8 2395 409 PMC 1087784 nbsp PMID 15860776 doi 10 1093 nar gki535 Lehmann J Jossinet F Gautheret D A universal RNA structural motif docking the elbow of tRNA in the ribosome RNAse P and T box leaders Nucleic Acids Research May 1 2013 41 10 5494 502 PMC 3664808 nbsp PMID 23580544 doi 10 1093 nar gkt219 Klein D J The kink turn a new RNA secondary structure motif The EMBO Journal 2001 20 15 4214 4221 ISSN 1460 2075 PMC 149158 nbsp PMID 11483524 doi 10 1093 emboj 20 15 4214 Schroeder KT McPhee SA Ouellet J Lilley DM A structural database for k turn motifs in RNA RNA Aug 2010 16 8 1463 8 PMC 2905746 nbsp PMID 20562215 doi 10 1261 rna 2207910 Grabow WW Zhuang Z Swank ZN Shea JE Jaeger L The right angle RA motif a prevalent ribosomal RNA structural pattern found in group I introns Journal of Molecular Biology Nov 23 2012 424 1 2 54 67 PMC 3488136 nbsp PMID 22999957 doi 10 1016 j jmb 2012 09 012 8 0 8 1 8 2 Szewczak AA Moore PB The sarcin ricin loop a modular RNA Journal of Molecular Biology Mar 17 1995 247 1 81 98 PMID 7897662 doi 10 1006 jmbi 1994 0124 nbsp Leontis NB Westhof E A common motif organizes the structure of multi helix loops in 16 S and 23 S ribosomal RNAs Journal of Molecular Biology Oct 30 1998 283 3 571 83 PMID 9784367 doi 10 1006 jmbi 1998 2106 Moore PB Structural motifs in RNA Annu Rev Biochem 1999 68 287 300 PMID 10872451 doi 10 1146 annurev biochem 68 1 287 11 0 11 1 Zhong C Zhang S Clustering RNA structural motifs in ribosomal RNAs using secondary structural alignment Nucleic Acids Research Feb 2012 40 3 1307 17 PMC 3273805 nbsp PMID 21976732 doi 10 1093 nar gkr804 12 0 12 1 Lee JC Gutell RR Russell R The UAA GAN internal loop motif a new RNA structural element that forms a cross strand AAA stack and long range tertiary interactions Journal of Molecular Biology Jul 28 2006 360 5 978 88 PMID 16828489 doi 10 1016 j jmb 2006 05 066 取自 https zh wikipedia org w index php title 內環結構 amp oldid 79409264, 维基百科，wiki，书籍，书籍，图书馆，

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