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中性演化理論

七月 17, 2023

中性演化理論全稱為分子演化的中性理論（英語：Neutral theory of molecular evolution），簡稱為中性理論。是日本遺傳學家木村資生在1968年早期所提出的一種演化理論。

這個理論認為在分子遺傳學的層次上，基因的變化大多數是中性突變（英语：neutral mutation），也就是對生物個體的生殖与生存既沒有好處也沒有壞處的突變。由於中性突變並不受自然選擇影響，而是由中性的突变基因的遗传漂变产生的，因此中性理論也曾被認為是與查爾斯·達爾文的自然選擇論處於競爭狀態。另外木村資生提出突然變異產生的蛋白質和原本的蛋白質之間沒有適應性的差異時的突然變異則稱為中立突然變異的理論。

不過現今的演化生物學家認為，自然選擇理論與中性理論是能夠並立且互補的。例如木村資生本人便曾在1986年說：「此理論並不否認自然選擇對於適應演化上的方向決定」。

中性演化理论承认了多数突变基因为有害基因这一可能性，但是认为由于自然选择的快速移除，对于物种内或物种间，这些基因并不会造成分子层面上持续的重大的改变，因而中性基因的遗传漂变在分子演化中起着更重要的作用。此外，这一理论还认为，最终中性突变能否被遗传是由随机遗传漂变模型所描述的抽驗过程所决定。 [1]

这一理论最早由日本生物学家木村資生在1968年提出, 而两名美国生物学家Jack Lester King（英语：Jack Lester King）和Thomas Hughes Jukes（英语：Thomas H. Jukes）在1969年也相对独立地提出了这一理论。 理论的细节由木村在其1983年的专著The Neutral Theory of Molecular Evolution（英语：The Neutral Theory of Molecular Evolution）中描述。根据木村所言, 这一理论只适用于分子层面的演化，但表型的进化仍然是由自然选择控制。这一提法被更广泛的“中立选择（neutralist-selectionist）”争论所沿用，用以解释分子分化与多样组合的模式的解释。这一争论在20世纪70到80年代达到顶峰，期间大量关于分子层面选择的证据被发现。

概览

诸如Freese (1962)[2]和Freese&Yoshida (1965)等资料显示，[3]中性突变可能是广泛的，随之 木村資生在1968年提出中性演化理论来解释这一现象，[4]在1969年King和Jukes也不约而同地提出这一理论。[5]

理论的提出者们猜想，绝大多数已知物种的基因差异在自然选择上都是“中性”的，亦即这些基因上的差异所产生的表达的分子之间的差异不影响自然选择中物种的適應度。由此，中性演化理论认为这些基因组的特性既不从属于自然选择，也不能被自然选择所能解释。这一观点建立在密码子简并性（英语：Codon degeneracy）基础上——密码子简并性指的是组成密码子即便核酸序列不同，但编码得到的氨基酸也可能相同。例如，GCC和GCA均是丙氨酸的密码子。因此，许多可能的只有一个核酸的改变可能实际上是“沉默的”或者“不表达的”(参见：同义替换（英语：synonymous substitution）)，在生物学上被认为是作用极小或者没有作用的。

建立在中性演化理论基础上的第二个假说即是：多数的进化实际上是等位基因遗传漂变的结果，而并不是诸如非中性基因的遗传连锁造成的遗传便车（英语：genetic hitchhiking）等原因造成的。突变出现后，中性的等位基因可能通过遗传漂变在族群里根据普遍。但通常情况下，突变会消失，少数情况下会被固定（英语：Fixation (population genetics)）下来，成为族群较为“标准”的基因。这一随机过程可以被抽样事件的形式描述，并遵从描述随机遗传漂变的公式。

根据这一理论，突变以μ的速度发生在每2N拷贝的一个基因上，有1/(2N)的概率被固定。这意味着，如果所有的突变都是中性的，突变固定的速度会在差异化的族群中累积，并等于每人的基因突变（如DNA复制出错）的概率，均等于μ。当中性突变的比例为常数时，族群之间的差异率也为常数。尽管分子时钟的发现早于中性演化理论的提出，但这为分子时钟（英语：molecular clock）提供了理论依据。[6]

中性理论与新达尔文主义理论不同，许多分子生物学家和群体遗传学家都为其发展做出了贡献。[1][7][8]

中性理论并不排斥自然选择的发生。进化生物学家通常将自然选择分为两大类：纯化选择（英语：purifying selection）（purifying selection）,和正向选择（positive (Darwinian) selection）；前者会使有害突变消亡，后者会使得有优势的基因被偏好。正向选择也被归为定向選擇的子类，定向选择倾向于固定有优势的基因；同时，平衡选择（英语：balancing selection）可以基因座上的多态性。中性演化理论预言了纯化选择的无所不在，但正向选择则十分罕见，但其在适应性进化中的作用并未被否定。[9]纯化选择是蛋白编码基因进化的常态，正向选择相对稀少；但有趣的是，这是因为这样的选择会导致编码基因逐渐偏离常态。[10]这一理论之后，根井正利提出了更加全面而现代的分子进化理论。[8]

中性选择争论

参见：演化思想史和分子演化

木村資生的理论一出现就伴随着激烈的争论。争论多数围绕着任何基因组里，到底有相对多少比例的等位基因是中性的，而又有多少不是中性的。与多数外行人的感知不同的是，这一争论与自然选择是否发生并无关系。木村資生称，分子演化是由具有选择性的中性演化决定的，而在表型层面，性状的改变可能由自然选择而非遗传漂变所决定的。[11]

根据分子演化的中性理论，种群内遗传差异（英语：genetic variation）的数量应当与有效族群大小成比例。而遗传多样性比起普查得到的种群规模远小得多，由此产生了"遗传差异的悖论（paradox of variation）"。[12]高水平的遗传多样性是支持中性演化理论的几个初始论点之一，因此这一悖论也成为了反对中性演化理论最有力的论断之一。

太田朋子强调了接近中性（英语：Nearly neutral theory of molecular evolution）的突变，尤其是损害较小的突变之重要性。[13]近中性变异的种群变迁在本质上与中性突变的相同，除非N表示自然选择的有效族群大小，选择系数的决定值大小大于1/N。[1][7][8]N的值因而会影响多少突变被视为中性而多少突变被视为有害。

大量的统计模式测试过中性演化理论与實際演化的匹配情况。(例如McDonald-Kreitman测试（英语：McDonald-Kreitman test）[14])，并且一批作者声称监测到了选择。(如：Fay et al. 2002,[15] Begun et al. 2007,[16] Shapiro et al. 2007,[17] Hahn 2008,[18] Akey 2009[19]等)。然而，根井正利等人在2010年发文[20]称，这些统计模式基于大量的在生物学上是不合理的假设。

参见

  • 根井正利
  • 木村資生
  • 分子演化
  • 太田朋子
  • Coalescent theory（英语：Coalescent theory）
  • Nearly neutral theory of molecular evolution（英语：Nearly neutral theory of molecular evolution）
  • Unified neutral theory of biodiversity（英语：Unified neutral theory of biodiversity）

参考资料

  1. ^ 1.0 1.1 1.2 Kimura, Motoo. (1983). The neutral theory of molecular evolution. Cambridge
  2. ^ Freese, E. (1962). On the evolution of base composition of DNA. J THeor Biol, 3:82-101.
  3. ^ Freese, E. and Yoshida, A. (1965). The role of mutations in evolution. In V Bryson, and H J Vogel, eds. Evolving Genes and Proteins, pp. 341-55. Academic, New York.
  4. ^ Kimura M. (1968). Evolutionary Rate at the Molecular Level. Nature 217:624-6.
  5. ^ King JL, Jukes TH. (1969). Non-Darwinian Evolution. Science 164:788-97.
  6. ^ Zuckerkandl, E. and Pauling, L.B. Molecular disease, evolution, and genetic heterogeneity. Kasha, M. and Pullman, B (editors) (编). Horizons in Biochemistry. Academic Press, New York. 1962: 189–225. 
  7. ^ 7.0 7.1 Nei, M. (2005). Selectionism and neutralism in molecular evolution. Mol Biol Evol, 22: 2318-42
  8. ^ 8.0 8.1 8.2 Nei, M. (2013). Mutation-driven evolution. Oxford University Press, Oxford
  9. ^ Hughes, Austin L. Looking for Darwin in all the wrong places: the misguided quest for positive selection at the nucleotide sequence level. Heredity. 2007, 99 (4): 364–373. PMID 17622265. doi:10.1038/sj.hdy.6801031. 
  10. ^ Hughes, Austin L. Adaptive Evolution of Genes and Genomes. Oxford University Press. 2000: 53. ISBN 0-19-511626-7. 
  11. ^ Provine (1991)
  12. ^ Lewontin, [by] R. C. The genetic basis of evolutionary change [4th printing.] New York: Columbia University Press. 1973. ISBN 978-0231033923. 
  13. ^ Ohta, T. Near-neutrality in evolution of genes and gene regulation. PNAS. 2002, 99 (25): 16134–16137 [2018-01-29]. PMC 138577  . PMID 12461171. doi:10.1073/pnas.252626899. （原始内容于2008-05-08）. 
  14. ^ Kreitman, Martin. M D S P A H. Annual Review of Genomics and Human Genetics. 2000, 1 (1): 539–559. PMID 11701640. doi:10.1146/annurev.genom.1.1.539. 
  15. ^ Fay, J. C., Wyckoff, G. J., and Wu, C. I. (2002). Testing the neutral theory of molecular evolution with genomic data from Drosophila. Nature, 415:1024-6
  16. ^ Begun, D. J., Holloway, A. K., Stevens, K., Hillier, L. W., Poh, Y. P. et al. (2007). Population genomics: whole-genome analysis of polymorphism and divergence in Drosophila simulans. PLoS Biol, 5:e310.
  17. ^ Shapiro J. A., Huang W., Zhang C., Hubisz M. J., Lu J. et al. 2007. Adaptive genic evolution in the Drosophila genomes. Proc Natl Acad Sci USA 104:2271–76.
  18. ^ Hahn, M.W. Toward a selection theory of molecular evolution. Evolution. 2008, 62: 255–265. PMID 18302709. doi:10.1111/j.1558-5646.2007.00308.x. 
  19. ^ Akey J. M. (2009). Constructing genomic maps of positive selection in humans: where do we go from here? Genome Res 19:711–22.
  20. ^ Nei, M., Suzuki, Y., and M. Nozawa. (2010). The neutral theory of molecular evolution in the genomic era. Annu Rev Genom Hum Genet. 11:265-89.

外部链接

七月 17, 2023
中性演化理論, 全稱為分子演化的中性理論, 英語, neutral, theory, molecular, evolution, 簡稱為中性理論, 是日本遺傳學家木村資生在1968年早期所提出的一種演化理論, 這個理論認為在分子遺傳學的層次上, 基因的變化大多數是中性突變, 英语, neutral, mutation, 也就是對生物個體的生殖与生存既沒有好處也沒有壞處的突變, 由於中性突變並不受自然選擇影響, 而是由中性的突变基因的遗传漂变产生的, 因此中性理論也曾被認為是與查爾斯, 達爾文的自然選擇論處於競爭狀態. 中性演化理論全稱為分子演化的中性理論 英語 Neutral theory of molecular evolution 簡稱為中性理論 是日本遺傳學家木村資生在1968年早期所提出的一種演化理論 這個理論認為在分子遺傳學的層次上 基因的變化大多數是中性突變 英语 neutral mutation 也就是對生物個體的生殖与生存既沒有好處也沒有壞處的突變 由於中性突變並不受自然選擇影響 而是由中性的突变基因的遗传漂变产生的 因此中性理論也曾被認為是與查爾斯 達爾文的自然選擇論處於競爭狀態 另外木村資生提出突然變異產生的蛋白質和原本的蛋白質之間沒有適應性的差異時的突然變異則稱為中立突然變異的理論 不過現今的演化生物學家認為 自然選擇理論與中性理論是能夠並立且互補的 例如木村資生本人便曾在1986年說 此理論並不否認自然選擇對於適應演化上的方向決定 中性演化理论承认了多数突变基因为有害基因这一可能性 但是认为由于自然选择的快速移除 对于物种内或物种间 这些基因并不会造成分子层面上持续的重大的改变 因而中性基因的遗传漂变在分子演化中起着更重要的作用 此外 这一理论还认为 最终中性突变能否被遗传是由随机遗传漂变模型所描述的抽驗过程所决定 1 这一理论最早由日本生物学家木村資生在1968年提出 而两名美国生物学家Jack Lester King 英语 Jack Lester King 和Thomas Hughes Jukes 英语 Thomas H Jukes 在1969年也相对独立地提出了这一理论 理论的细节由木村在其1983年的专著The Neutral Theory of Molecular Evolution 英语 The Neutral Theory of Molecular Evolution 中描述 根据木村所言 这一理论只适用于分子层面的演化 但表型的进化仍然是由自然选择控制 这一提法被更广泛的 中立选择 neutralist selectionist 争论所沿用 用以解释分子分化与多样组合的模式的解释 这一争论在20世纪70到80年代达到顶峰 期间大量关于分子层面选择的证据被发现 目录 1 概览 2 中性选择争论 3 参见 4 参考资料 5 外部链接概览 编辑诸如Freese 1962 2 和Freese amp Yoshida 1965 等资料显示 3 中性突变可能是广泛的 随之 木村資生在1968年提出中性演化理论来解释这一现象 4 在1969年King和Jukes也不约而同地提出这一理论 5 理论的提出者们猜想 绝大多数已知物种的基因差异在自然选择上都是 中性 的 亦即这些基因上的差异所产生的表达的分子之间的差异不影响自然选择中物种的適應度 由此 中性演化理论认为这些基因组的特性既不从属于自然选择 也不能被自然选择所能解释 这一观点建立在密码子简并性 英语 Codon degeneracy 基础上 密码子简并性指的是组成密码子即便核酸序列不同 但编码得到的氨基酸也可能相同 例如 GCC和GCA均是丙氨酸的密码子 因此 许多可能的只有一个核酸的改变可能实际上是 沉默的 或者 不表达的 参见 同义替换 英语 synonymous substitution 在生物学上被认为是作用极小或者没有作用的 建立在中性演化理论基础上的第二个假说即是 多数的进化实际上是等位基因遗传漂变的结果 而并不是诸如非中性基因的遗传连锁造成的遗传便车 英语 genetic hitchhiking 等原因造成的 突变出现后 中性的等位基因可能通过遗传漂变在族群里根据普遍 但通常情况下 突变会消失 少数情况下会被固定 英语 Fixation population genetics 下来 成为族群较为 标准 的基因 这一随机过程可以被抽样事件的形式描述 并遵从描述随机遗传漂变的公式 根据这一理论 突变以m的速度发生在每2N拷贝的一个基因上 有1 2N 的概率被固定 这意味着 如果所有的突变都是中性的 突变固定的速度会在差异化的族群中累积 并等于每人的基因突变 如DNA复制出错 的概率 均等于m 当中性突变的比例为常数时 族群之间的差异率也为常数 尽管分子时钟的发现早于中性演化理论的提出 但这为分子时钟 英语 molecular clock 提供了理论依据 6 中性理论与新达尔文主义理论不同 许多分子生物学家和群体遗传学家都为其发展做出了贡献 1 7 8 中性理论并不排斥自然选择的发生 进化生物学家通常将自然选择分为两大类 纯化选择 英语 purifying selection purifying selection 和正向选择 positive Darwinian selection 前者会使有害突变消亡 后者会使得有优势的基因被偏好 正向选择也被归为定向選擇的子类 定向选择倾向于固定有优势的基因 同时 平衡选择 英语 balancing selection 可以基因座上的多态性 中性演化理论预言了纯化选择的无所不在 但正向选择则十分罕见 但其在适应性进化中的作用并未被否定 9 纯化选择是蛋白编码基因进化的常态 正向选择相对稀少 但有趣的是 这是因为这样的选择会导致编码基因逐渐偏离常态 10 这一理论之后 根井正利提出了更加全面而现代的分子进化理论 8 中性选择争论 编辑参见 演化思想史和分子演化 木村資生的理论一出现就伴随着激烈的争论 争论多数围绕着任何基因组里 到底有相对多少比例的等位基因是中性的 而又有多少不是中性的 与多数外行人的感知不同的是 这一争论与自然选择是否发生并无关系 木村資生称 分子演化是由具有选择性的中性演化决定的 而在表型层面 性状的改变可能由自然选择而非遗传漂变所决定的 11 根据分子演化的中性理论 种群内遗传差异 英语 genetic variation 的数量应当与有效族群大小成比例 而遗传多样性比起普查得到的种群规模远小得多 由此产生了 遗传差异的悖论 paradox of variation 12 高水平的遗传多样性是支持中性演化理论的几个初始论点之一 因此这一悖论也成为了反对中性演化理论最有力的论断之一 太田朋子强调了接近中性 英语 Nearly neutral theory of molecular evolution 的突变 尤其是损害较小的突变之重要性 13 近中性变异的种群变迁在本质上与中性突变的相同 除非N表示自然选择的有效族群大小 选择系数的决定值大小大于1 N 1 7 8 N的值因而会影响多少突变被视为中性而多少突变被视为有害 大量的统计模式测试过中性演化理论与實際演化的匹配情况 例如McDonald Kreitman测试 英语 McDonald Kreitman test 14 并且一批作者声称监测到了选择 如 Fay et al 2002 15 Begun et al 2007 16 Shapiro et al 2007 17 Hahn 2008 18 Akey 2009 19 等 然而 根井正利等人在2010年发文 20 称 这些统计模式基于大量的在生物学上是不合理的假设 参见 编辑根井正利 木村資生 分子演化 太田朋子 Coalescent theory 英语 Coalescent theory Nearly neutral theory of molecular evolution 英语 Nearly neutral theory of molecular evolution Unified neutral theory of biodiversity 英语 Unified neutral theory of biodiversity 参考资料 编辑 1 0 1 1 1 2 Kimura Motoo 1983 The neutral theory of molecular evolution Cambridge Freese E 1962 On the evolution of base composition of DNA J THeor Biol 3 82 101 Freese E and Yoshida A 1965 The role of mutations in evolution In V Bryson and H J Vogel eds Evolving Genes and Proteins pp 341 55 Academic New York Kimura M 1968 Evolutionary Rate at the Molecular Level Nature 217 624 6 King JL Jukes TH 1969 Non Darwinian Evolution Science 164 788 97 Zuckerkandl E and Pauling L B Molecular disease evolution and genetic heterogeneity Kasha M and Pullman B editors 编 Horizons in Biochemistry Academic Press New York 1962 189 225 7 0 7 1 Nei M 2005 Selectionism and neutralism in molecular evolution Mol Biol Evol 22 2318 42 8 0 8 1 8 2 Nei M 2013 Mutation driven evolution Oxford University Press Oxford Hughes Austin L Looking for Darwin in all the wrong places the misguided quest for positive selection at the nucleotide sequence level Heredity 2007 99 4 364 373 PMID 17622265 doi 10 1038 sj hdy 6801031 Hughes Austin L Adaptive Evolution of Genes and Genomes Oxford University Press 2000 53 ISBN 0 19 511626 7 Provine 1991 Lewontin by R C The genetic basis of evolutionary change 4th printing New York Columbia University Press 1973 ISBN 978 0231033923 Ohta T Near neutrality in evolution of genes and gene regulation PNAS 2002 99 25 16134 16137 2018 01 29 PMC 138577 PMID 12461171 doi 10 1073 pnas 252626899 原始内容存档于2008 05 08 Kreitman Martin M D S P A H Annual Review of Genomics and Human Genetics 2000 1 1 539 559 PMID 11701640 doi 10 1146 annurev genom 1 1 539 Fay J C Wyckoff G J and Wu C I 2002 Testing the neutral theory of molecular evolution with genomic data from Drosophila Nature 415 1024 6 Begun D J Holloway A K Stevens K Hillier L W Poh Y P et al 2007 Population genomics whole genome analysis of polymorphism and divergence in Drosophila simulans PLoS Biol 5 e310 Shapiro J A Huang W Zhang C Hubisz M J Lu J et al 2007 Adaptive genic evolution in the Drosophila genomes Proc Natl Acad Sci USA 104 2271 76 Hahn M W Toward a selection theory of molecular evolution Evolution 2008 62 255 265 PMID 18302709 doi 10 1111 j 1558 5646 2007 00308 x Akey J M 2009 Constructing genomic maps of positive selection in humans where do we go from here Genome Res 19 711 22 Nei M Suzuki Y and M Nozawa 2010 The neutral theory of molecular evolution in the genomic era Annu Rev Genom Hum Genet 11 265 89 外部链接 编辑Misconceptions about natural selection and adaptation the neutral theory 页面存档备份 存于互联网档案馆 at http evolution berkeley edu 页面存档备份 存于互联网档案馆 取自 https zh wikipedia org w index php title 中性演化理論 amp oldid 75720349, 维基百科，wiki，书籍，书籍，图书馆，

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